Normalement les d'un projet sont copiées vers la Atlas, mais il existe aussi la possibilité de l'assigner à l'. Dans le premier cas c'est Atlas qui gère les documents primaires [Managed documents], dans l'autre ils restent dans les fichiers de l'utilisateur [Linked Documents] sous sa responsabilité.

Avant l'introduction de la de documents primaires, c'était le seul mode de travail, qui consistait à assigner les documents primaires à un projet Atlas

Pour des raisons de compatibilité ceci est toujours possible et reste utile dans le cas très gros documents primaires, par exemple des vidéos, car cela permet d'éviter d'avoir deux copies du même document, l'original qui se trouve quelque part sur votre disque et la copie du document importé dans la des documents primaires

Pour assigner un document primaire, utiliser .

Pour convertir une HU qui contient des document primaires assignés (linked documents) en document ens documents dans la bibliothèque Atlas (managed documents), utiliser

• Ne modifiez en aucun cas un document primaire assigné en dehors d'Atlas, sous peine de perdre tous les citations définies pour ce document, ainsi que les autres liens. Atlas ne modifiant jamais un document primaire, se réfère - par exemple à une citation - en enregistrant simplement la position dans le document primaire (numéro du paragraphe, position relative par rapport au début du paragraphe), si cette position change Atlas est perdu.
• Il est possible de modifier les documents primaires RTF et texte simple en utilisant le mode "Edition" d'Atlas qui alors maintient les liens avec les objets correctement.
• A moins de savoir parfaitement ce que vous faites, n'utilisez pas l'explorateur de Windows pour copier des fichiers d'un projet, au risque de perdre une partie du projet Atlas.ti. Utilisez pour transporter un projet Atlas complet d'un ordinateur à un autre.
• A moins que vous ayez des raisons particulières (projets multiples etc), il est conseillé de mettre tous les fichiers d'un projet dans le même dossier.