Recherche sur le COVID-19 à l'UNIGE // UNIGE Research on COVID-19

Artificial intelligence-based Model for the Diagnosis of COVID-19

Professor Habib Zaidi
Associate professor, Department of radiology and medical informatics, Faculty of medicine, University of Geneva & Chief physicist and Head of the PET Instrumentation & Neuroimaging Laboratory, Geneva University Hospital

Summary

Computed Tomography (CT) has been reported as a clinically relevant approach for the diagnosis and management of COVID-19 patients. A number of studies compared RT-PCR and CT images for COVID-19 diagnosis reporting a performance of CT images in terms of sensitivity and specificity of 94% and 37%, respectively. In this project we aim to build a high specificity Artificial Intelligence-based model to discriminate COVID-19 infections from other lung pathologies.

partner institutions

CARACTÉRISTIQUES DU LIQUIDE CÉPHALORACHIDIEN CHEZ LES PATIENTS ATTEINTS DU SARS-COV-2

Dre Mathilde Bellon, Dre Cecilia Schweblin, Dre Nathalie Lambeng, Dr Pascal Cherpillod, Dre Jessica Varquez, Pr Patrice Lalive, Dr Manuel Schibler, Dre Christine Deffert

Département médical – HUG

Département diagnostique – Service de médecine de laboratoire

Département de médecine – Service des maladies infectieuses

Département des neurosciences cliniques – Service de neurologie

Faculté – UNIGE

Faculté de médecine – Département de médecine et Département de pathologie et d’immunologie

Résumé

Les manifestations cliniques typiques du SARS-CoV-2, responsable du Covid-19, comprennent une toux, une fièvre et de la fatigue. Chez une minorité de patients, la maladie évolue vers une pneumonie bilatérale entraînant parfois un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Parmi les caractéristiques moins typiques, des patients infectés présentent parfois des complications neurologiques, y compris une méningo-encéphalite, une encéphalopathie et un syndrome de Guillain-Barré.

Actuellement, le tropisme du système nerveux central et la neuropathogénèse du SARS-CoV-2 n'ont pas été entièrement élucidés. Plusieurs articles ont décrit les manifestations neurologiques du SARS-CoV-2 chez de nombreux patients, mais les paramètres du liquide céphalorachidien (LCR) n'ont été analysés que chez un nombre limité d’entre eux.

L'objectif de cette étude consistait à rapporter les caractéristiques du LCR de 31 patients infectés au SARS-CoV-2 et présentant des complications neurologiques. Les chercheurs n’ont observé dans le LCR ni l'ARN du SARS-CoV-2 ni la synthèse d'immunoglobulines G intrathécales. Ils ont cependant trouvé des signes de perturbation de la barrière hémato-encéphalique. Ces résultats pourraient servir de base à une meilleure compréhension de la neuropathogenèse liée au SARS-CoV-2.

Institutions partenaires

Plus d'informations

"Cerebrospinal Fluid Features in Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Positive Patients", Clinical Infectious Diseases, ciaa1165, https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1165

Covidclinique - Laboratoires

Professeure Dagmar M. Haller
Professeure assistante, Santé et Médecine Communautaire, Unité des Internistes Généralistes et Pédiatres, Faculté de médecine, Université de Genève

résumé

Collaboration avec quatre laboratoires français pour récolter des éléments cliniques en même temps que prélèvement naso pharyngé pour la réalisation d’une RT-PCR. Plus de 1400 situations ont été récoltées, dont environ 20% de positifs.

institutions partenaires

Drs Hubert Maisonneuve et Paul Sebo, UIGP Laboratoires français
Dr Benoit Tudrej (Lyon - France)

Plus d'informations

Tudrej B, Sebo P, Lourdaux J, Cuzin C, Floquet M, Haller DM, Maisonneuve H., "Self-Reported Loss of Smell and Taste in SARS-CoV-2 Patients: Primary Care Data to Guide Future Early Detection Strategies." Journal of General Internal Medicine, 2020 June 9:1–3. DOI: 10.1007/s11606-020-05933-9.

Sebo P, Tudrej B, Lourdaux J, Cuzin C, Floquet M, Haller DM, Maisonneuve H., "Clinical characteristics of SARS-CoV-2 patients: a French cross-sectional study in primary care." Research Square (DOI: 10.21203/rs.3.rs-34635/v1).

COVID-19: projets de recherche menés par l'UIGP

COVID infection self-test

Professor Nicolas Winssinger
Full professor, Organic chemistry department, University of Geneva

Project partner

Professor Laurent Kaiser
Head, Geneva Centre for Emerging Viral Diseases
Full Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva
Head, Division of Infectious Diseases, University Hospitals of Geneva

summary

The goal is to develop a nucleic acid test to detect a current COVID infection that is simple enough to be done at home by an untrained person. The technology is based on isothermal amplification DNA circuit that do not require specialized equipment with a lateral flow assay readout (akin to pregnancy test).

partner institutions

Deep learning based anomaly detection in COVID-19

Professor Habib Zaidi
Associate professor, Department of radiology and medical informatics, Faculty of medicine, University of Geneva & Chief physicist and Head of the PET Instrumentation & Neuroimaging Laboratory, Geneva University Hospital

Summary

Annotation of a large amount of CT COVID-19 images requires a huge effort and is a time-consuming process for experienced radiologists. Therefore, manual annotation is impractical within a short period. In this project, we aim to use a large number of normal CT scans to train a deep learning model using deep adversarial networks (GAN) to learn the morphology of normal lung structures and hence to depict potential abnormalities using adversarial approaches.

partner institutions

Deep learning-guided segmentation of COVID-19 lesions from chest CT

Professor Habib Zaidi
Associate professor, Department of radiology and medical informatics, Faculty of medicine, University of Geneva & Chief physicist and Head of the PET Instrumentation & Neuroimaging Laboratory, Geneva University Hospital

Summary

Recent reports have shown that early and more pronounced findings on CT correlate with the prognosis of COVID-19 patients. Automatic detection and segmentation of infectious lesions from chest CT of COVID-19 patients is challenging owing to heterogeneous nature of infectious lesions. In this project, we aim to develop an auto-encoder-decoder based model to segment whole lungs, different lobes of the lungs and infectious lesions and provide these features to radiologists to aid clinical diagnosis.

partner institutions

LE COVID-19 ET LES MICRO-SAIGNEMENTS DANS LE CERVEAU

Dre Aikaterini Fitsiori, Dre Déborah Pugin, Dr Camille Thieffry, Pr Patrice Lalive, Pre Maria Isabel Vargas

Département médical – HUG

Département diagnostique – Service de neuroradiologie diagnostique et interventionnelle

Département de médecine aiguë – Service des soins intensifs

Départements des neurosciences cliniques – Service de neurologie

Faculté – UNIGE

Faculté de médecine

Résumé

Le Covid-19, initialement décrit comme une infection du système respiratoire, est de plus en plus reconnu comme une maladie multi-organique qui se manifeste également au niveau neurologique. Il existe également des preuves du rôle potentiellement neuro-invasif du SARS-CoV-2, responsable de cette maladie.

L'objectif de cette étude consistait à décrire les découvertes observées lors d'imageries à résonance magnétique (IRM) de patients gravement atteints du Covid-19. À cette fin, les images IRM de neufs patients présentant des résultats anormaux ont été analysées. Tous ont été testés positifs au SARS-CoV-2 et ont présenté un retard dans la récupération de la conscience ou une agitation importante nécessitant une IRM du cerveau.

Cette enquête a démontré que tous les patients avaient souffert d'un syndrome de détresse respiratoire aiguë sévère ou modérée nécessitant un séjour prolongé en unité de soins intensifs. Leurs résultats d'IRM ont tous dénoté la présence de micro-saignements inhabituellement distribués dans le cerveau avec une prédilection particulière pour le corps calleux.

Institutions partenaires

Plus d'informations

"COVID‐19 is Associated with an Unusual Pattern of Brain Microbleeds in Critically Ill Patients", Journal of Neuroimaging , https://doi.org/10.1111/jon.12755

L’ENCÉPHALOPATHIE LIÉE AU COVID-19 ET LES GLUCOCORTICOÏDES

Dre Déborah Pugin, Pre Maria Isabel Vargas, Dr Camille Thieffry, Dr Manuel Schibler, Dr Olivier Grosgurin, Pr Jérôme Pugin, Pr Patrice Lalive

Département médical – HUG

Département de médecine aiguë – Service des soins intensifs

Département diagnostique – Service de neuroradiologie diagnostique et interventionnelle

Département de médecine – Service des maladies infectieuses et Service de médecine interne générale

Départements des neurosciences cliniques – Service de neurologie

Faculté – UNIGE

Faculté de médecine

Résumé

Cette étude rapporte l'évolution clinique de cinq patients suite à un syndrome de détresse respiratoire aiguë causé par le Covid-19. Après deux semaines de ventilation mécanique, aucun patient n’avait repris conscience. Une imagerie à résonance magnétique du cerveau avec séquences angiographiques a révélé chez chacun d’entre eux des signes d'inflammation des artères du système nerveux central (SNC) compatibles avec une endothélite. Un traitement de 500 mg de méthylprednisolone (un glucocorticoïde) par jour a alors été initié pendant 5 jours. Au bout de 48-72 heures, les chercheurs ont remarqué un réveil avec un changement spectaculaire du niveau de conscience chez tous les patients.

L'observation d'une encéphalopathie liée au Covid-19 et associée à une endothélite du SNC répondant à des doses élevées de stéroïdes chez les patients des unités de soins intensifs devrait être confirmée par des études cliniques.

Institutions partenaires

Plus d'informations

"COVID-19–related encephalopathy responsive to high-dose glucocorticoids", Neurology, DOI: https://doi.org/10.1212/WNL.0000000000010354

Machine Learning based Prognostic Model for COVID-19

Professor Habib Zaidi
Associate professor, Department of radiology and medical informatics, Faculty of medicine, University of Geneva & Chief physicist and Head of the PET Instrumentation & Neuroimaging Laboratory, Geneva University Hospital

Summary

In this project, we aim to develop prognostic models using lab data, including radiological scores and quantitative CT imaging features to predict survival in COVID-19 patients. These features will be fed into machine learning algorithms to predict the outcome of patients, including death or recovery. Models performance will be evaluated in terms of sensitivity, specificity, accuracy and area under the curve (AUC) of receiver operating characteristic (ROC) curves.

partner institutions

Ultra-Low Dose Chest CT examinations of COVID-19 patients

Professor Habib Zaidi
Associate professor, Department of radiology and medical informatics, Faculty of medicine, University of Geneva & Chief physicist and Head of the PET Instrumentation & Neuroimaging Laboratory, Geneva University Hospital

Summary

Chest CT scan is considered a beneficial diagnostic tool for scoring/monitoring of the disease progression or healing. However, potential adverse health effects associated with the radiation exposure from CT scanning restricts multiple examinations of patients. The current study aimed to design an ultra-low dose CT examination setup by using a deep learning approach for Covid-19 diagnosis. We analyzed more than thousand patient’s images using deep convolutional network and results were analyzed by quantitative and qualitative analysis.

partner institutions

A mathematical modelling of covid-19 in Switzerland

Professor Olivia Keiser
Assistant Professor, Institude of Global Health, Faculty of Medicine, University of Geneva

Professor Isabella Anne Eckerle
Coordinator, Geneva Centre for Emerging Viral Diseases
Associate Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva
Senior Consultant, Divison of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals

summary

The overall aim of this project is to analyze and integrate different data sources (international research findings, national surveillance data, and information from the internet and social media) thereby creating a novel interdisciplinary surveillance system with the aim of better understanding the transmission of the virus in Switzerland. Our research project combines analyses of traditional surveillance data, fundamental research, phylogenetic analyses and mathematical modelling. Combining the mathematical model with other sub-projects will therefore give us a deeper understanding of the COVID-19 epidemic, and allow us to evaluate the effectiveness of interventions The system will be flexible so that it can be adapted to future outbreaks. All relevant scientific findings from the project will be made available immediately on a dedicated website.

Funding

FNS

partner institutions

résumé

Collaboration avec 25 médecins de famille Français pour récolter des éléments cliniques en consultation et les associer à une suspicion d’infection par le virus

institutions partenaires

Projet coordonné par Dr Hubert Maisonneuve, UIGP en collaboration avec des médecins de famille français

Plus d'informations

COVID-19: projets de recherche menés par l'UIGP

Enquête de séroprévalence des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 à la prison de Champ-Dollon

Dr Laurent Gétaz
Médecin adjoint agrégé, Service de médecine pénitentiaire, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat docent, Faculté de médecine, Université de Genève

Dre Stéphanie Baggio
Service de médecine pénitencière, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat-docent, Département de santé et médecine communautaires, Université de Genève

Résumé

Cette étude vise à préciser quelle proportion des personnes a été infectée à la prison de Champ-Dollon lors de la première vague de l’épidémie de COVID-19. Elle s’appuie sur les données collectées par d’autres études de séroprévalence (SERO-CoV-Vulnérable et WORK) et compare les distributions de séroprévalence des personnes détenues ou travaillant à Champ-Dollon afin de mieux comprendre la circulation du virus, d’anticiper les défis qu’il soulève et de planifier les mesures nécessaires pour contenir sa propagation dans les établissements pénitentiaires.

Institutions partenaires

Enquête de séroprévalence répétée des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 au sein de la population vulnérable au COVID-19 dans le canton de Genève (SERO-CoV-Vulnérable)

Dr Laurent Gétaz
Médecin adjoint agrégé, Service de médecine pénitentiaire, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat docent, Faculté de médecine, Université de Genève

Dre Stéphanie Baggio
Service de médecine pénitencière, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat-docent, Département de santé et médecine communautaires, Université de Genève

Résumé

Cette étude vise à préciser quelle proportion de la population genevoise vulnérable au COVID-19 a été infectée lors de la première vague de l’épidémie en Suisse. Cette population comprend des personnes cliniquement vulnérables en raison de maladies chroniques susceptibles d’engendrer des complications sévères ou de leur âge, ainsi que des personnes socialement vulnérables de par leurs conditions de vie précaires (vie en promiscuité, impossibilité de garder les distances sociales ou de se confiner). L’enquête explore également leurs caractéristiques (socio-démographiques, médicales, respect des mesures de protection) et les conséquences de leur exposition au virus (par exemple le renoncement aux soins).

Institutions partenaires

Epidémiologie du COVID-19 aux urgences ambulatoires et dans les centres de dépistage des HUG (AMBU-CoV-GE)

Dr Hervé Spechbach, Médecin adjoint responsable de l'unité des urgences ambulatoires, Hôpitaux Universitaires de Genève.

Dr Julien Salamun, Médecin adjoint, Service de médecine de premier secours , Hôpitaux Universitaires de Genève

Dre Frédérique Jacquerioz, Médecin cheffe de clinique, Service de médecine tropicale et humanitaire

Dre Stéphanie Baggio
Service de médecine pénitencière, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat-docent, Département de santé et médecine communautaires, Université de Genève

Résumé

Cette étude de cohorte a pour objectif de mieux comprendre le profil démographique et clinique des personnes chez lesquelles une infection SARS-CoV-2 est suspectée et qui se présentent aux urgences ambulatoires et dans les centres de dépistage des HUG. Elle analyse notamment les facteurs prédictifs de l’infection SARS-CoV-2, le tableau clinique et les facteurs prédisant une évolution défavorable pour les personnes testées positives. L’enquête explore l’évolution au cours du temps de la symptomatologie des personnes venant se faire tester, les effets des différentes stratégies de dépistage ou encore la prise en charge ambulatoire (par exemple pour les pneumonies). De cette cohorte, uniquement ambulatoire, sont également extraites des données concernant les personnes testées négatives.

Institutions partenaires

Faisabilité de l’utilisation d’un dispositif d’auto-prélèvement de sang capillaire pour des sérologies anti-SARS-CoV-2 et performance des tests sérologiques chez des patients vulnérables (AUTO-SERO-COV)

Dr Laurent Gétaz
Médecin adjoint agrégé, Service de médecine pénitentiaire, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat docent, Faculté de médecine, Université de Genève

Dre Stéphanie Baggio
Service de médecine pénitencière, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat-docent, Département de santé et médecine communautaires, Université de Genève

Résumé

Cette étude a trois objectifs principaux. Le premier est de démontrer la faisabilité de l’utilisation d’un dispositif d’auto-prélèvement de sang capillaire pour détecter des anticorps IgG SARS-CoV-2 chez les adultes. Le deuxième est d’étudier la réponse sérologique au COVID-19 chez les personnes immuno-supprimées ou ayant des maladies auto-immunes. Enfin, le troisième est d’analyser l’utilisation et les performances d’un auto-test diagnostic rapide pour détecter des anticorps IgG anti-SARS-CoV-2 chez les adultes.

Institutions partenaires

Les mécanismes infectieux du COVID-19

Professeure Isabella Eckerle
Responsable, Centre des maladies virales émergentes
Professeure associée, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin adjointe agrégée, Service des maladies infectieuses, Hôpitaux universitaires de Genève

Professeure Claire-Anne Siegrist
Professeure ordinaire, Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin adjointe agrégée, responsable de l'Unité d'immuno-vaccinologie pédiatrique, Hôpitaux universitaires de Genève

Professeure Caroline Tapparel Vu
Professeure associée, Département de microbiologie et médecine moléculaire, Faculté de médecine, Université de Genève & Département diagnostique - Service de médecine de laboratoire, Hôpitaux universitaires de Genève

Professeur Laurent Kaiser
Directeur, Centre des maladies virales émergentes
Professeur ordinaire, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin-chef du Service des maladies infectieuses, Hôpitaux universitaires de Genève

Dre Pauline Vetter
Centre des maladies virales émergentes
Assistante médecine, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin interne, Service des maladies infectieuses, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

Ce projet vise à comprendre les mécanismes d’infection SARS-CoV-2, et notamment :

Comprendre les processus d’infection et de propagation du virus au niveau des cellules épithéliales des voies respiratoires supérieures et inférieures et de déterminer le mode de libération du virus pour connaître son degré de transmission;
Comprendre l’influence du tabagisme et des maladies chroniques respiratoires sur la réplication du virus;
Comprendre au niveau cellulaire, les effets d’une coinfection avec le virus de la grippe;
Comprendre le lien entre la charge virale et la gravité de la maladie et comment évolue la réactivité du système immunitaire tout au long de la maladie;
Développer des antiviraux contre le SARS-CoV-2.

Financement

Fondation du Groupe Pictet
Fondation Ancrage
Fondation privée des HUG
Fondation privée genevoise

institutions partenaires

Plus d'informations

Résumé de la Fondation privée des HUG

Résumé sur le site des HUG

Participation au réseau Sentinella-Suisse

Professeure Dagmar M. Haller
Professeure assistante, Santé et Médecine Communautaire, Unité des Internistes Généralistes et Pédiatres, Faculté de médecine, Université de Genève

résumé

Dans le cadre de sa collaboration au sein de la Commission des Programmes Sentinella Suisse, l’UIGP a contribué à la mise en place de la surveillance épidémiologique COVID en médecine de famille, pilotée par l’OFSP.

institutions partenaires

Réseau Sentinella : OFSP
Instituts de médecine de famille suisses

Plus d'informations

Rapport sur la surveillance des consultations ambulatoires pour COVID-19

COVID-19: projets de recherche menés par l'UIGP

Persistance des symptômes

Professeur Idris Guessous
Professeur associé, Département de santé et médecine communautaires, Faculté de médecine de l’Université de Genève & Médecin-chef de service, Service de médecine de premier recours, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

Depuis son apparition fin 2019, la COVID-19 interroge les médecins comme les personnes affectées par la variété et la durée de ses symptômes. Le virus entraîne, chez certain-es patient-es, une maladie qui se prolonge sur une durée inhabituellement importante. Le terme «COVID long» est alors utilisé chez les personnes qui continuent de signaler des symptômes plusieurs semaines après l’infection. Pour mieux comprendre ce phénomène, une équipe de médecins et épidémiologistes, de l’Université de Genève (UNIGE), des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) et de la Direction générale de la santé de l’État de Genève ont suivi près de 700 personnes positives au SARS-CoV-2 ne nécessitant pas d’hospitalisation. Six semaines après le diagnostic, 33 % d’entre elles souffrent encore de fatigue, de perte d’odorat et du goût, ou encore d’essoufflement et de toux. Ces résultats, à lire dans la revue Annals of Internal Medicine, appellent à mieux informer les patient-es et les médecins qui les suivent, et à rappeler que l’infection au SARS-CoV-2 n’est pas anodine.

Institutions partenaires

Plus d'informations

- "COVID-19 Symptoms: Longitudinal Evolution and Persistence in Outpatient Settings", recherche publiée dans Annals of Internal Medicine,DOI: 10.7326/M20-5926

- Communiqué de presse, "COVID-19: les symptômes persistent dans un tiers des cas", publié le 8 décembre 2020.

Plateforme de suivi en ligne Specchio-COVID19

Professeur Idris Guessous
Professeur associé, Département de santé et médecine communautaires, Faculté de médecine de l’Université de Genève & Médecin-chef de service, Service de médecine de premier recours, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

L’étude Specchio-COVID19 a pour but de suivre le statut immunologique des participants aux études de séroprévalence au cours du temps afin d’élucider les dynamiques immunitaires et de modéliser la progression de la pandémie. De plus, cette étude vise à monitorer et étudier l’impact à long terme de la pandémie de COVID-19 dans le canton de Genève, et ce sur plusieurs dimensions de la santé et sur l’environnement social et économique.

Institutions partenaires

Hôpital de La Tour
Clinique de Carouge

Plus d'informations

Plateforme Specchio-COVID19

Antibodies for COVID researchers

Professor Pierre Cosson
Full professeur, Recombinants antibodies platform, Faculty of medicine, University of Geneva

Summary

The Antibody core facility has produced and tested a number of antibodies against COVID proteins. These antibodies can be produced and sent to all academic researchers. The rapidly growing list can be found at https://www.unige.ch/medecine/antibodies/

partner institutions

EPFL

Funding

Fondation privée des HUG

Summary

We are using modeling and simulations, validated by biophysical experiments to develop potent and specific peptides targeting the Spike-ACE2 interaction. These peptides will be tested as is in cells and in animal models and will be further developed as conjugates to stimulate the immune response.

Partner institutions

University College London, Mount Sinai School of Medicine, DE Shaw Research

Funding

PRACE special call for HPC time and SNF (in preparation)

How immune responses shape clinical characteristics

Professeure Claire-Anne Siegrist
Professeure ordinaire, Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin adjointe agrégée, responsable de l'Unité d'immuno-vaccinologie pédiatrique, Hôpitaux universitaires de Genève

Partenaires du projet

Professeure Caroline Tapparel Vu
Professeure associée, Département de microbiologie et médecine moléculaire, Faculté de médecine, Université de Genève & Département diagnostique - Service de médecine de laboratoire, Hôpitaux universitaires de Genève

Professeure Isabella Anne Eckerle
Responsable, Centre des maladies virales émergentes
Professeure associée, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin adjointe agrégée, Service des maladies infectieuses, Hôpitaux universitaires de Genève

Professeur Laurent Kaiser
Directeur, Centre des maladies virales émergentes
Professeur ordinaire, Département de médecine, Faculté de médecine de l'Université de Genève
Médecin-chef du Service des maladies infectieuses, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

Nous avons lancé mi-mars 2020 le recrutement de patients et de leurs proches. En collectant régulièrement des informations sur leur état de santé et des échantillons biologiques, nous voulons déterminer ce qui constitue une réponse immunitaire protégeant ou aggravant la sévérité du COVID-19. Nous voulons recruter 50 patients et 200 contacts suivis à intervalles réguliers. Nous mesurerons la quantité de virus dans le corps, leurs réponses immunitaires immédiates (innées) et celles qui s'installent plus tardivement (anticorps, réponses lymphocytaires B et T). Nous nous intéresserons aussi à l'influence positive ou négative de l'immunité existant au moment de l'exposition au virus du COVID-19. Il s’agit de définir ce qui constitue une réponse immunitaire protectrice ou au contraire aggravant la sévérité du COVID-19 afin de guider le développement de vaccins ou de traitements immunomodulateurs à donner à un moment précis de l'évolution de la maladie.

Financement

FNS

institutions partenaires

Plus d'informations

Immunité des populations selon l'origine géographique

Professeure Alicia Sanchez-Mazas
Professeure ordinaire, Unité d’Anthropologie , Département de génétique et évolution, Faculté des sciences, Université de Genève

Résumé

Existe-t-il des différences d’immunité face au coronavirus SARS-CoV-2 entre populations de diverses régions géographiques? Une partie de la réponse est à rechercher dans les génomes de ces groupes de personnes et, plus particulièrement, dans les gènes HLA, responsables du système immunitaire dit adaptatif. Ces gènes ont la particularité de différer souvent entre individus. Des milliers de variants (ou allèles) possibles ont été identifiés et tous ne possèdent pas la même efficacité pour lutter contre un nouveau virus. La fréquence de ces allèles varie d’une population à l’autre du fait des migrations passées et de leur adaptation à divers environnements. Dans une étude à lire dans la revue HLA, des scientifiques de l’Université de Genève (UNIGE), en collaboration avec l’Institut Max Planck de Jéna (Allemagne) et l’Université d’Adélaïde (Australie), identifient les variants HLA potentiellement les plus efficaces contre 7 virus, dont le nouveau coronavirus, et mettent en lumière des variations significatives entre populations.

Plus d'informations

Communiqué de presse "Nous ne sommes pas tous égaux face au coronavirus", 9 juin 2020.

Article publié dans HLA, Binding affinities of 438 HLA proteins to complete proteomes of seven pandemic viruses and distributions of strongest and weakest HLA peptide binders in populations worldwide . Barquera R, Collen E, Di D, Buhler S, Teixeira J, Llamas B, Nunes JM, Sanchez-Mazas A. HLA. 2020 May 31. doi: 10.1111/tan.13956

mRNA vaccine formulation against SARS-CoV-2

Professor Gerrit Borchard
Full Professor, Pharmaceutical science section, Faculty of sciences, Universtity of Geneva

Summary

We are developing a formulation for an mRNA vaccine against SARS-CoV-2. This a collaborative project with virologists from Chulalongkorn University, who will perform animal and clinical studies. As a preliminary results, in only two months we have achieved the preparation and characterization of a stable formulation that is showing antigen (spike protein) expression in cell-based assay. The technology will now be transferred to Thailand for successive animal and human clinical studies.

Partner institutions

Chulalongkorn University Hospital, Bangkok, Thailand

Funding

Thai government pending

Résumé

L’objectif de ce registre est de répertorier des femmes suspectées d’avoir été infectées par le SARS-CoV 2 pendant leur grossesse. Les conséquences de l'infection par le SARS-CoV 2 durant la grossesse sont incertaines, car les informations épidémiologiques et cliniques manquent jusqu'à présent dans cette population spécifique. Ce registre permet de mettre en place une collecte de données fiables visant à mieux caractériser les risques associés à cette infection chez les femmes enceintes.

institutions partenaires

SARS-Cov2 vaccination formulation research

Professeur Walter Reith
Full professor, Department of Pathology and Immunology, Faculty of medicine, University of Geneva

PROJECT PARTNERS

Vaccine Formulation Institute

Dr Nicolas Collin, VFI Executive Director

Dr Patrice Dubois, VFI Scientific Director

Summary

This study aims at investigating the immunogenicity of various SARS-Cov-2 candidate vaccines in partnership with the Vaccine Formulation Institute (VFI, Geneva) supported by the Global Health Vaccine Accelerator Programme of the Bill & Melinda Gates Foundation.

The study is performed with four different sub-unit vacines candidates targeting the Receptor-Binding Domain (RBD) of the Coronavirus Spike protein, formulated with several adjuvants developed by VFI, including emulsion-based adjuvants and liposome-based adjuvants.

Neutralizing antibodies responses as well as cellular responses will be analyzed in mice. This will allow to downselect the best adjuvanted vaccine candidates to be included in clinical trials (planned by the end of 2020).

Funding

Vaccine Formulation Institute (VFI)

Bill & Melinda Gates Foundation

partner institutions

National/international, Vaccine Formulation Institute (VFI)

Résumé

L’étude cherche à préciser quelle proportion de la population a été infectée depuis le début de l’épidémie en Suisse. Une « photographie » indispensable pour une gestion optimale de l’épidémie. Lorsqu’une personne a été infectée par un virus, elle produit des anticorps, que l’on peut retrouver dans son sang. Leur détection contre le coronavirus permet donc de savoir qui a déjà été infecté par le SARS-CoV-2. En effectuant cette analyse sur un échantillon représentatif de la population genevoise, il sera donc possible d’estimer quelle proportion de la population a déjà été infectée par le nouveau coronavirus. Ces informations permettront de comprendre dans quelle phase de l’épidémie nous nous trouvons, d’anticiper les défis à venir et de prendre les mesures adéquates pour lutter contre cette épidémie.

institutions partenaires

Financement

Office fédéral de la santé publique
Ecole suisse de Santé publique (programme Corona Immunitas)
Fondation de Bienfaisance du Groupe Pictet
Fondation Ancrage
Fondation Privée des HUG
Centre des maladies virales émergentes de la Faculté de médecine de l’UNIGE et des HUG

Plus d'informations

Communiqué de presse "COVID-19: moins de 11% des Genevois infectés" (9 juin 2020)

Article publié dans The Lancet, DOI: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31304-0.

Résumé complet sur le site des HUG

Interview dans le e-journal de l’UNIGE

SEROCoV-WORK : séroprévalence parmi les travailleuses et travailleurs non confiné-es

Professeur Idris Guessous
Professeur associé, Département de santé et médecine communautaires, Faculté de médecine de l’Université de Genève & Médecin-chef de service, Service de médecine de premier recours, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux universitaires de Genève

Docteure Silvia Stringhini
Privat Docent, Département de santé et médecine communautaires, Faculté de médecine de l’Université de Genève & Epidémiologue responsable Service de médecine de premier recours, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

A Genève, certaines personnes ne peuvent se confiner durant la pandémie et sont donc plus susceptibles d’être exposées : personnel soignant ou qui assure le fonctionnement du système des soins; employés des chaînes de grande distribution alimentaire; personnel chargé du service minimum dans les écoles, etc. Dès lors que le déconfinement doit être planifié et les mesures de protection optimisées. Il devient impératif de connaître la proportion de personnes qui ont été infectées et sont immunisées, ainsi que la distribution démographique et géographique. Le projet SEROCoV-WORK consiste à tester la présence d’anticorps IgG anti-SARS-CoV-2, en 3 phases.

employés de trois cliniques/hôpital partenaires (HUG, La Colline, Les Grangettes, L’Hôpital de la Tour)
travailleurs mobilisés non-confinables de trois entreprises de la place
inciter d’autres entreprises genevoises à participer.

institutions partenaires

En collaboration avec les cliniques privées des Grangettes et de la Colline, l’Hôpital de la Tour, l’EPFL et la Chambre du commerce, de l'industrie, et des services de Genève

Financement

Fondation privée des HUG

Plus d'informations

Résumé sur le site de la Fondation privée des HUG

Résumé sur le site des HUG

Understanding the immune response towards SARS-CoV2

Professor Claire-Anne Siegrist
Full Professor, Department of Paediatrics, Gynaecology and Obstetrics, Faculty of Medicine of the University of Geneva
Senior Consultant, Head of the the Paediatrics Inmmono-vaccinology Unit, Geneva University Hospitals

Professor Arnaud Didierlaurent
Assistant Professor, Department of Pathology and immunology, Faculty of medicine, University of Geneva

summary

The project is a clinical longitudinal study aiming at defining the role of immune responses on disease severity and viral loads in patients and their houshold contacts. It aims to measure the immune response, serology and concentrations of the virus in order to understand the immune response to this pathogen and develop a vaccine. The Center of vaccinology is responsible for profiling the inflammatory (cytokine, gene expression, innate cell phenotyping), antibody (titers and functional assays) and cellular (plasmablast, B cell memory and CD4/CD8 T cells)responses. The study is uniquely designed to capture the initial events of the infection, included in those with no symptoms and across age (including pediatric and older adults)

Funding

Fondation privée des HUG
Application for the SNF COVID specific call.

partner institutions

Un vaccin contre le SARS-COV-2 en cours d’étude

Professeur Nicolas Mach
Professeur assistant, Département de médecine, Faculté de médecine, Université de Genève & médecin adjoint, Département d'oncologie, Hôpitaux universitaires de Genève
Dr Aurélien Lathuilière
Service d’oncologie et Service de réadaptation, Hôpitaux universitaires de Genève

Partenaires du projet

Professeur Denis Jabaudon
professeur ordinaire, Département des neurosciences fondamentales, Faculté de médecine, Université de Genève

MaxiVAX
Ksenija Pavletic, administratrice
Julien Grogg, directeur des opérations cliniques

Université Laval
Pr Gary Kobinger, Directeur du Centre de Recherche en Infectiologie

Résumé

L’objectif de cette étude est de développer un vaccin contre le Sars-Cov-2 combinant un immunostimulateur puissant et une cible spécifique du coronavirus. La cible est la protéine de surface Spike, administrée sous la forme d’ADN par une injection intradermale alors que le stimulateur du système immunitaire consiste en une capsule produisant un adjuvant puissant implantée sous la peau. Cette technologie d’encapsulation cellulaire fait déjà l’objet d’essais cliniques de Phase II dans le domaine de l’immunothérapie des cancers.

institutions partenaires

Plus d'informations

Communiqué de presse "COVID-19 : Un vaccin genevois contre le SARS-CoV-2 en cours d’étude", 2 juin 2020.

Risk assessment of evolving virus variants

Professor Isabella Anne Eckerle
Coordinator, Geneva Centre for Emerging Viral Diseases
Associate Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva
Senior Consultant, Divison of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals

Professor Caroline Tapparel Vu
Associate Professor, Department of Microbiology and Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva & Diagnostic Department - Department of Laboratory Medicine, Geneva University Hospitals

project partners

Professor Laurent Kaiser
Head, Geneva Centre for Emerging Viral Diseases
Full Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva
Head, Division of Infectious Diseases, University Hospitals of Geneva

Professor Claire-Anne Siegrist
Full Professor, Department of Paediatrics, Gynaecology and Obstetrics, Faculty of Medicine of the University of Geneva
Senior Consultant, Head of the the Paediatrics Inmmono-vaccinology Unit, Geneva University Hospitals

Dr Samuel Cordey
Virology Lab, geneva University Hospitals

summary

Although coronaviruses are known to frequently cross species barriers, we still lack knowledge on the genomic alteration for host adaptation. If metagenomic data are readily available to track the epidemic in real-time, in silico analysis based on sequence data alone cannot sufficiently predict viral phenotypes. Potential changes in the replicative capacity, in receptor affinity, interferon susceptibility or escape from adaptive immune response will have significant impact on public health, treatment or vaccine strategies. Here, we aim to set up a biobank of virus isolates and assess key phenotypic traits of low-passage strains. Our functional data on key traits of evolving virus variants complement viral metagenomic data and can help to guide and adapt immediate response strategies to this pandemic. All SARS-CoV-2 isolates and surrogate viruses will be made available to the research community. With the proposed project, we will be able to centralize and maximize the collaborative output of our Centre necessary to rapidly address this complex and challenging situation.

funding

FNS

partner institutions

Project partners

Thomas Agoritsas, professeur assistant, Département de médecine, Faculté de médecine UNIGE & Médecin adjoint agrégé, Service de médecine interne générale, HUG

Dr Marcel Stöckle, Service d’infectiologie et hygiène hospitalière, Hôpital universitaire de Bâle & Université de Bâle

Dr Dan Lebowitz, Assistant médecin, Département de médecine, Faculté de médecine UNIGE & Chef de clinique, Service de prévention et contrôle de l’infection HUG

Dre Mikaela Smit; Suppléante cheffe de clinique scientifique, Département de médecine, Faculté de médecine UNIGE & Cheffe de clinique scientifique, Service de prévention et contrôle de l’infection HUG

Thomas Perneger, professeur ordinaire, Département de santé et médecine communautaires, Faculté de médecine UNIGE & Médecin-chef du service d’épidémiologie clinique, HUG

Dre Annalisa Marinosci; Médecin interne, Service des maladies infectieuses, HUG

summary

The availability of simple and effective post-exposure prophylaxis (PEP) to prevent either SARS-CoV-2 infection and/or resulting clinical Coronavirus Disease (COVID-19) will play a crucial role both for the rapid containment and to protect at risk individuals including front-line health care workers now and in future outbreaks. We propose to assess the efficacy, safety and acceptability of a five-day course of Lopinavir/ritonavir-based PEP compared to standard of care for asymptomatic individuals exposed to individuals diagnosed with SARS-CoV-2 in a category C open-label cluster randomized clinical trial. A simple and effective PEP strategy, that can be prescribed the same day with limited laboratory exams, will help contain both the current pandemic and future COVID-19 outbreaks. Even if effective vaccination and treatment become available, PEP will play an important role in safeguarding individuals at highest risk, including front-line health care workers, and will be crucial for rapid containment of future outbreaks. The PEP candidate we are proposing to investigate is cheap, safe and globally available, including in Switzerland.

Funding

FNS

Fondation privée des HUG

partner institutions

résumé

Il s’agit du premier essai clinique en Suisse à étudier l'impact de deux thérapies prophylactiques contre le COVID-19. Il teste l'efficacité de l'hydroxychloroquine et du lopinavir/ritonavir, chez des personnes exemptes de tout symptôme, mais ayant été en contact étroit avec des patient·es récemment diagnostiqué·es positif·ves au COVID-19. L'étude, débutée le 23 avril, inclura environ 400 participants et durera quatre à six mois.

institutions partenaires

Hôpital universitaire de Bâle
Institut Tropical et de Santé Publique Suisse et des autorités de santé publique de Genève et de Bâle

Financement

Edmond de Rothschild
Union Bancaire Privée
Fondation pour la Recherche et le Traitement Médical
Fondation privée des Hôpitaux universitaires de Genève

Plus d'informations

Résumé complet de la recherche sur le site des HUG

Analyse des effets du SARS-CoV-2 et des stratégies médicamenteuses sur le système cardiovasculaire

Professeur François Mach
Professeur ordinaire, Département de médecine, Université de Genève & médecin chef du service de cardiologie, Hôpitaux universitaires de Genève

Dre Elena Tessitore
Service de cardiologie, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

Ce projet vise à analyser les effets du virus SARS-CoV-2 et des stratégies médicamenteuses sur le système cardiovasculaire. Il est construit en deux phases. La première durant laquelle sont analysés le parcours de soins et les traitements administrés aux patients hospitalisés pour Covid-19. Et une seconde qui s’étendra jusqu’à un an après la fin de l’hospitalisation et durant laquelle seront compilés les événements cardiovasculaires nouveaux, les changements de traitements et l’impact de la maladie sur la qualité de vie.

institutions partenaires

financement

Fondation privée des HUG

Assessing the proton and calcium channel function of the SARS-CoV-2

Professor Nicolas Demaurex
Full professor, Départment of cell physiology and metabolism, University of Geneva

summary

Assessing the proton and calcium channel function of the SARS-CoV-2 E protein to develop new screens for antiviral compounds. Manipulating the pH of the ERGIC and of endosomes to disrupt the SARS-CoV-2 virus cycle.

project partners

Professor Caroline Tapparel Vu
Associate Professor, Department of Microbiology and Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva

Professor Karl-Heinz Krause
Full professor, Department of pathology and immunology, University of Geneva

Professor Sergio Grinstein
Senior scientist in the The Hospital for Sick Children Research Institute and a professor of Biochemistry at the University of Toronto

Professor Dr Barbara Niemeyer
Full professor, Saarland University, Germany

Funding

Project submitted to the Gertrude Von Meissner fondation. Submission to the PNR Covid-19 of the SNF planned.

Drugs and natural products screening on nsp1

Vincent Jaquet
Senior lecturer, Department of pathology & immunology, Faculty of medicine, University of Geneva

Project partner

Professor Jean-Luc Wolfender
Full professor, Pharmaceutical sciences section, Faculty of sciences, University of Geneva

summary

Identification of drugs interfering with the hast translational inhibitor nspl of SARS-CoV2 by high throughput screening.

Funding

Submitted to SNF

Epitope mapping of antibody response to COVID

Professor Nicolas Winssinger
Full professor, Organic chemistry department, University of Geneva

Project partner

Professor Nicolas Vuilleumier
Associate professor, Department of medicine, University of Geneva &
University Hospitals of Geneva

summary

How diverse is the antibody response to COVID across different patients? Is there epitopes that are more protective than others? Can this be correlated to the severity of symptoms? The first step in answering these questions is to map the epitopes of the antibody response to COVID19 which is performed with a peptide microarray.

partner institutions

Etude sur la position ventrale des patients atteints de pathologie pulmonaire au COVID-19

Professeur Walid Habre
Professeur ordinaire, Département d’anesthésiologie, pharmacologie et soins intensifs, Faculté de médecine, Université de Genève & Service d'anesthésiologie, Département de médecine aiguë, Hôpitaux universitaires de Genève
Dr André Dos Santos Rocha
MD-PhD, Département d’anesthésiologie, pharmacologie et soins intensifs, Faculté de médecine, Université de Genève

Résumé

L’étude porte sur les effets potentiellement bénéfiques du positionnement ventral des patients atteints de pathologie pulmonaire au COVID-19, sur l'aération pulmonaire et l’harmonisation entre la ventilation et la perfusion du poumon lors de la ventilation mécanique. L’équipe de recherche émet l’hypothèse que la position ventrale améliorerait la distribution de l’air et la circulation au niveau pulmonaire. Ces effets, connus pour d’autres maladies pulmonaires, restent à démontrer pour la maladie à COVID-19.

institutions partenaires

financement

Unité d’investigations anesthésiologiques - HUG

Evaluation des stratégies thérapeutiques dans le contexte du COVID-19 (STRAT-CoV)

Dre Nathalie Vernaz-Hegi
Direction médicale et qualité, Hôpitaux universitaires de Genève & Privat docent, Faculté de médecine, Université de Genève

Dre Stéphanie Baggio
Service de médecine pénitencière, Département de médecine de premier recours, Hôpitaux Universitaires de Genève & Privat-docent, Département de santé et médecine communautaires, Université de Genève

Résumé

Cette étude observationnelle rétrospective compare les différentes stratégies thérapeutiques (hydroxychloroquine, lopinavir/ritonavir) pour les patients positifs au COVID-19 en comparaison aux normes de soins (sans stratégie thérapeutique). Elle vise à mettre en lumière l’issue clinique (durée d’hospitalisation et mortalité intra-hospitalière) et les coûts engagés (analyse médico-économique) par ces thérapies.

Institutions partenaires

Impact de la maladie COVID-19 sur la physiologie respiratoire, la qualité de vie et bénéfice d’un programme de réentrainement physique (COVISQAR)

Dr Frédéric Lador
Privat Docent, Département de médecine, Faculté de médecine, Université de Genève & médecin adjoint, Service de pneumologie, Hôpitaux universitaires de Genève

Résumé

Les processus impliqués dans le COVID-19 restent à découvrir. Des atteintes du parenchyme pulmonaire, vasculaire par une micro-angiopathie et musculaire par les conséquences de l’inflammation pourraient expliquer la persistance de symptômes à distance de l’infection. Notre objectif est de mieux comprendre l’implication de ces différents processus par une exploration physiologique et radiologique. Un accent sera aussi porté sur les conséquences de ces atteintes sur la qualité de vie et l’intérêt d’une réhabilitation pulmonaire ambulatoire.

institutions partenaires

Prevention and Treatment of Covid-19 in the community, reported outcomes: a retrospective study

Professor Chantal Csajka
Full professor, Pharmaceutical sciences section, Faculty of sciences

Summary

Retrospective analysis of the frequency of use of preventive and therapeutic practices, and their associations with occurrence of respiratory infections, Covid-19, and disease outcomes based on a international survey.

Project Partners

Dr Bertrand Graz, Antenna Foundation (CH)
Dr Houriet, University of North Carolina, Greensboro, US

Recoding the SARS-CoV-2 genome - A multidisciplinary approach to generate live-attenuated coronavirus vaccines

Professor Ramesh PILLAI
Full professor, Department of Molecular Biology, Faculty of sciences, University of Geneva

Project partners

Professor Volker Thiel
Institute of Virology and Immunology, University of Bern
Professor Sebastian Leidel
Department of Chemistry and Biochemistry, University of Bern.
Professor Martin Beer, Institute of Diagnostic Virology (IVD), Friedrich Loeffler Institut, Reims, Germany
Professor Klaus Osterrieder, Institute of Virology, Freie Universitat Berlin, Germany

summary

We hope to discover RNA modifications that are installed by host enzymes on the SARS-COVID-2 genomic RNA. Viruses use host RNA modification machinery to camouflague themselves from host innate immune system. Reverse engineered viruses carrying mutations in these sites will be created for vaccine development.

Funding

SNF Coronavirus Call grant submitted

Role of receptors of the integrin family in the virus infection

Professor Bernhard Wehrle-Haller
Department of cell physiology and metabolism, Faculty of medicine, University of Geneva

Project partners

Philippe Le Mercier
Swiss Institute of Bioinformatics

Professor Vesa Hytönen
Associate professor, Faculty of Medicine and Health Technology, Tampere University, Finland

summary

Analysing whether receptors of the integrin family are used by the virus for infection, either alone or in combination with ACE2. Establish whether already clinically approved integrin drugs would reduce virus infection

Targeting the main protease of SARS-CoV-2 to discover drugs against COVID-19

Professor Leonardo Scapozza
Full professor, Pharmaceutical sciences Section, Faculty of sciences, University of Geneva

Summary

To cure the viral infection and prevent the spreading of the SARS-CoV-2, inhibiting its main protease is a viable strategy. The SARS-CoV-2 main protease is essential for proteolytic processing of viral polyproteins, and its inhibition constitutes a conventional therapeutic strategy.
The aims of this proposal that uses NMR combined with molecular modelling as the screening tools are to:
1. Repurpose approved drugs against the main protease of SARS-CoV-2
2. Provide structure-activity relationship insights to the medicinal chemistry community to quickly improve existing drugs
3. Explore allosteric binding sites
Besides the immediate benefit toward the discovery of a cure against SARS-CoV-2, the expected outcome should immediately fuel medicinal chemistry for an efficient response to the pandemic.

Project partners

Dr. Julien Orts, Department of Chemistry and Applied Biosc., Laboratory of Physical Chemistry, ETH Zurich

Funding

Proposal submitted to SNF NRP_COVID19

Translating Anti-Coronavirus Virucidal Compounds

Professor Caroline Tapparel Vu
Associate Professor, Department of Microbiology and Molecular Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva

Professor Francesco Stellacci
Full professor, Supramolecular Nanomaterials and Interfaces Laboratory, EPFL

project Partners

Professor Isabella Anne Eckerle
Coordinator, Geneva Centre for Emerging Viral Diseases
Associate Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva
Senior Consultant, Divison of Infectious Diseases, Geneva University Hospitals

Professor Bruno Correia
Assistant professor, Laboratory of Protein Design & Immunoengineering, EPFL

summary

Testing the activity of nano material based antivirals mimicking widely used viral attachment receptors (heparan sulfate and sialic acid) against SARS-CoVs and the other coronaviruses. Developing new antivirals to fight COVID19. Testing antivirals targeting cellular pathways hijacked by the virus.

Partner institutions

EPFL

Funding

Fondation privée des HUG
Fondation CARIGEST
SNF

Résumé

Certains virus pénètrent à l’intérieur des cellules grâce à des molécules organiques soufrées. Des chimistes de l’UNIGE ont découvert des inhibiteurs efficaces de ce mécanisme qui pourraient bloquer l’absorption du SARS-CoV-2.La membrane cellulaire est imperméable aux virus. Pour pénétrer à l’intérieur d’une cellule et l’infecter, ces derniers utilisent diverses stratégies qui exploitent les propriétés cellulaires et biochimiques des membranes. L’absorption médiée par les thiols –des molécules organiques similaires aux alcools où l’oxygène est remplacé par un atome de soufre– est un des mécanismes d’entrée dont l’utilisation par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) a été démontrée il y a quelques années. Aucun inhibiteur efficace n’est actuellement disponible en raison de la robustesse des réactions et liaisons chimiques mises en jeu. Un groupe de recherche de l’Université de Genève (UNIGE) a cependant identifié des inhibiteurs jusqu’à 5000 fois plus efficaces que l’inhibiteur communément utilisé. Des tests préliminaires, publiés et accessibles gratuitement dans Chemical Science, la revue phare de la Royal Society of Chemistry, démontrent le blocage de l’entrée cellulaire de virus exprimant les protéines du SARS-CoV-2. L’étude ouvre la voie vers la recherche de nouveaux antiviraux.

Plus d'informations

- Communiqué de presse, "Une molécule soufrée pour bloquer le coronavirus", publié le 18 novembre 2020.

- Article "Inhibitors of thiol-mediated uptake" publié dans Chemical Science,DOI: 10.1039/d0sc05447j

Covid-19 and competition policy : A Swiss perspective

Professeur Christian Bovet
Professeur ordinaire, Département de droit public, Faculté de droit, Université de Genève

Valentine Delaloye
Assistante, Département de droit public, Faculté de droit, Université de Genève

Jeremy Bacharach
Assistant, Faculté de droit, Université de Genève

Plus d'informations

« Covid-19 and competition policy : A Swiss perspective », in Concurrences n° 2/2020, p. 27.

La loi sur les épidémies à l’épreuve du nouveau coronavirus

Professeur Frédéric Bernard
Professeur ordinaire, Faculté de droit, Université de Genève

résumé

L’apparition du nouveau coronavirus en début d’année a pris de court les Etats par la rapidité de sa propagation et les risques de débordement de leurs systèmes de santé. Depuis 2012, la Suisse dispose d’une nouvelle loi fédérale sur les épidémies, qui a précisément été conçue pour réagir à l’apparition de nouvelles maladies transmissibles. La présente contribution propose une première analyse de l’application de cette loi dans la lutte contre le nouveau coronavirus ; ce faisant, elle s’interroge sur la mise en oeuvre du renforcement de la responsabilisation individuelle et du désenchevêtrement des compétences entre la Confédération et les cantons.

Plus d'informations

« La loi sur les épidémies à l’épreuve du nouveau coronavirus », in Jusletter 2020, p. 1-22.
« La répartition des compétences entre la Confédération et les cantons en situation de pandémie », in Revue de droit suisse spécial/2020, p. 55-67.
A paraître : « Les mesures de lutte contre le nouveau coronavirus et l’art. 15 CEDH : La Suisse aurait-elle dû déroger à ses obligations conventionnelles ? » à paraître à l’automne 2020 dans la revue Sicherheit & Recht.

Conséquences sociétales et économiques : Précarisation de la population genevoise

Professeur Jean-Michel.Bonvin(at)unige.ch
Professeur ordinaire, Institut de démographie et socioéconomie, Faculté des sciences de la société, Université de Genève

résumé

À Genève, les conséquences sociétales et économiques du semi-confi-nement ont touché de plein fouet les populations qui connaissaient déjà des difficultés à satisfaire leurs besoins élémentaires. Leur situa-tion s’est profondément dégradée, révèle une étude de l’Université de Genève (UNIGE), réalisée à la demande de la fondation Colis du Cœur et avec la collaboration de l’Etat et de la Ville de Genève, du Centre social protestant et du CAPAS. Impact de la crise sanitaire sur l’ali-mentation, la perte d’emploi, le niveau de revenus ou la dégradation de la santé, l’étude dresse un bilan de la situation deux mois après le début du semi-confinement et identifie des pistes d’intervention pour les services sociaux et associatifs. La majorité des personnes in-terrogées vivent dans des ménages en surdensité et, malgré leurs dif-ficultés, ne font pas appel aux aides. Les sociologues recommandent un renforcement des mesures conjoncturelles de crise, une meilleure information sur les aides existantes, et des initiatives rappelant les responsabilités des employeurs et les droits des travailleurs.

Plus d'informations

Communiqué de presse, "À Genève, le COVID-19 a fait plonger les personnes précaires", 22.09.2020.

COVID 19: dilemmes sociaux contre gestes barrières

Lisa Moussaoui
Maître assistante, Faculté de psychologie et des sciences de l’éducation, Université de Genève

résumé

Il faut connaitre les profils psychologiques et sociaux pour comprendre la façon dont gestes protecteurs contre les maladies contagieuses sont adoptés, et définir ainsi les bonnes approches préventives. Tout au début de la crise du coronavirus, avant que les mesures contraignantes soient prises, une équipe de spécialistes des comportements de santé de l’Université de Genève (UNIGE) a pu collecter de nombreuses données liées à l’adoption des gestes barrières. À travers une étude publiée dans la revue Applied Psychology : Health and Well Being, les psychologues genevois-es ont analysé comment les Britanniques suivaient les précautions recommandées dans leur pays. L’influence du comportement des autres sur les prises de décision individuelle, appelée le dilemme social, est au cœur de l’étude. Elle relève que les croyances sur la maladie COVID 19, comme se sentir vulnérable ou penser que la maladie est dangereuse, ont peu d’impact sur l’adoption des gestes barrières. Les personnes les moins enclines à les adopter sont celles qui considèrent que les précautions prises par les autres rendent les leurs inutiles. Ces profils psychosociaux, parmi d’autres, identifiés dans cette étude, fournissent des pistes pour des messages de prévention plus efficaces.

Plus d'informations

Cette recherche est publiée dans Applied Psychology , DOI: 10.1111/aphw.12235.

Communiqué de presse, " COVID 19 : dilemmes sociaux contre gestes barrières", 1er octobre 2020.

From shock and rescue to recovery – moving forward thanks to efficient and transparent trade

Professor Gabrielle Marceau
Associate Professor, Law Faculty, University of Geneva

Summary

The COVID-19 pandemic represents the most challenging public health crisis in recent memory. This may well be one of the few times in history when all governments have had the same priority, namely, to contain the spread of the SARS-CoV-2 virus. Many countries adopted lockdown policies, even to the known detriment to trade and the economy, in order to stop the spread of the virus, and protect their citizens' health.

WTO-related issues such as health (and environmental) restrictions or regulations, import and trade facilitation measures, patents, standards, mutual recognition mechanisms, export restrictions, subsidies and domestic support schemes, and values and social choices, all have a role to play during this pandemic. These issues operate with several other international norms and guidelines, for example, the World Health Organization's "International Health Regulations", the International Telecommunication Union's "Global Network Resiliency Platform", the World Intellectual Property Organization's "Covid-19 IP Policy Tracker", the World Customs Organization's "List of priority medicines for customs during Covid-19 pandemic", the International Aviation Organization's "Biosafety for Air Transport: A Roadmap for Restarting Aviation". States and international actors have made collaborative statements and expressed the need to protect health while at the same time minimizing the distortion of international trade to prevent dire consequences for people's livelihoods. All these issues have brought the WTO to the forefront of the fight against the pandemic.

This research summarizes the WTO rules relevant to human, animal, or plant health, and to the current pandemic in particular. It describes some of the actions WTO Members have taken to provide access to medical goods, and to protect their citizens' health, their economies and workforce. It recalls the collective and collaborative statements, declarations and commitments from WTO Members resolved to combat and win the pandemic fight. Finally, the paper concludes that attaining a broad-based, sustainable health and economic recovery will require open and transparent trade in order to ensure efficient and fair access to health treatment and the necessary return to normal economic activities.

project partners

Professor Nicolas Levrat
Full Professor, Global Studies Institute, University of Geneva

PHD Dr. Tediosi Fabrizio
Schweizerisches Tropen- und Public Health-Institut, University of Basel

Professor Karl Blanchet
Full Professor, Geneva Centre for Education & Research in Humanitarian Action, University of Geneva

Professor Didier Pittet
Full Professor, Department of Medicine, Faculty of Medicine, University of Geneva & Head, Division of Infection Prevention and Control, Geneva Universty Hospitals

summary

The current COVID-19 crisis is causing widespread disruption in health, economic and social systems worldwide. The response to this ongoing pandemic is unprecedented. As stressed by WHO Director General, “all countries must strike a fine balance between protecting health, minimizing economic and social disruption, and respecting human rights”. Over the past couple of decades, globalization and growing interdependencies have benefited the many. However, the financial crisis of 2008, the Ebola crisis in 2014-2015 and now COVID-19 are examples of systemic crises that can threaten modern societies. Based on insights from the governance of complex systems and resilience, this project aims to assess the initial impact of and responses to the current COVID-19 systemic crisis from an interdisciplinary perspective combining insights from public health, economics and law and understand how we can improve the resilience of our governance systems.

Funding

FNS

Contributions

Thomas Abel, Antonio Abellan Garcia, Mathilde Bourrier, Jean-Michel Bonvin, Claudine Burton-Jeangros, Sandro Cattacin, Nicola Cianferoni, Ruxandra Oana Ciobanu, Bernard Debarbieux, Vera de Bel, Maxime Felder, Fiorenza Gamba, Olga Ganjour, Myriam Girardin, Marco Nardone, Michel Oris, Loïc Pignolo, Rogelio Pujol Rodriguez, Diego Ramiro Farinas, Toni Ricciardi, Emilie Rosenstein, Marlyne Sahakian, Sébastien Salerno, Daniel Stoecklin, Philippe Wanner, Eric D. Widmer, Marie-Eve Zufferey.

Résumé

En pleine pandémie, les sciences sociales sont plus que jamais appelées à mettre leurs connaissances et leurs outils d’analyse au service de la société. Avec la parution de "COVID-19. Le regard des sciences sociales", des sociologues, des démographes et des historiens nous fournissent des outils pour décrypter la tourmente provoquée par le coronavirus.
Ce livre, qui paraît le 18 juin aux Éditions Seismo (Zurich et Genève), regroupe les contributions inédites de 27 chercheuses et chercheurs. Issu de la Faculté des sciences de la société de l’Université de Genève, son objectif est de saisir les nombreuses implications sociales d’une pandémie qui, depuis plusieurs mois, désoriente et bouleverse les États et les rapports sociaux.
L’ouvrage est le fruit d’un travail collectif et interdisciplinaire. Divisé en cinq parties, il aborde à tour de rôle les dynamiques historiques, communicationnelles et consuméristes ; les élans de solidarités et les nouvelles appartenances ; l’exacerbation des vulnérabilités chez les personnes âgées, les enfants, les personnes en situation de handicap ou en détention ; la gestion sanitaire de la crise, entre responsabilité individuelle et collective ; et enfin la fonction d’orientation des sciences sociales.

Plus d'informations

Communiqué de presse
Résumé complet de l'éditeur

Le confinement-cloisonnement au temps du Covid 19

Professeur Bernard Debarbieux
Professeur ordinaire, Faculté des sciences de la société, Université de Genève

Résumé

On a vu déferler, peu après le virus lui-même, des termes participant d’un ensemble de mesures préventives, à valeur normative donc, aussi surprenants les uns que les autres ; plus intéressant encore, ce vocabulaire a été adopté sans réserve par les médias et l’immense majorité des populations concernées. La surprise réside dans le fait que ces termes frappent par leur faible valeur descriptive ou analytique, quand ils ne frappent pas plus fort encore par leur inadéquation.

plus d'informations

Lire l'article publié dans Cybergeo : European Journal of Geography

Toutes les analyses et commentaires des chercheur-euses de la Faculté des sciences de la société

Accès à l'eau et crise du COVID-19

Mara Tignino
Maître d'enseignement et de recherche, Département de droit international public et organisation internationale, Faculté de droit, Université de Genève

Plus d'informations

Blog Article "Water for the Most Vulnerable Could Help Stop Spread of Covid-19", on Newsecuritybeat.org

Blog Article "COVID-19 shos why protecting water in conflict is vital", on Conflict and environment Observatory website

COVID-19 concepts and its impact on humanitarian situations

Professor Karl Blanchet
Geneva Centre for education and research in humanitarian action (CERAH), University of Geneva
Humanitarian Encyclopedia Team

summary

As part of the CERHAH's engagement in the response to COVID-19, the HE Team has prioritised analysis of concepts relevant to the crisis and its impact on humanitarian situations.

summary

"COVID-19 Humanitarian" is an open-access platform that promotes the exchange of field-based COVID-19 programme adaptations and innovations, facilitating learning among organizations in different sectors and contexts.

partner institutions

Humanitarian Crises Centre of the London School of Hygiene and Tropical Medicine;
Johns Hopkins Centre for Humanitarian Health

Funding

Fondation privée des HUG

summary

Webinar series "COVID-19 & Humanitarian: Experience and Knowledge Sharing". Each week the three hosting organisations invited relevant speakers to discuss a topic related to the impact of the epidemic on the humanitarian sector.

partner institutions

Humanitarian Crises Centre of the London School of Hygiene and Tropical Medicine;
Johns Hopkins Centre for Humanitarian Health

summary

Combining crowdsourcing and AI to extract key information about Covid-related topics from scientific literature or filer useful images from social media.

partner Institutions

University of Zurich and ETH Zurich
Politecnico Di Milano
Université de Paris
CSIC Barcelona

summary

We are inteersted in general public knowledge about and attitudes towards well-being- and health-related studies. A well-being or health-related study is where researchers collect information from people to improve their well-being and develop or evaluate new treatments, e.g., at the individual level or the population level. Although our interest is generic, we have specific questions on motivational factors related to well-being and health-related studies in the times of COVID.

partner institutions

University of Copenhagen, Denmark

summary

The GUARDIAN project introduces a social companion, which aims to be of direct benefit for homecare nurses who are unable to visit the elderly patients at this time.

partner institutions

Vilans (coordinator and end-users), Netherlands
Zorggroep Noordwest-Veluwe (both: end-users), Netherlands
ConnectedCare, Netherlands
smartrobot.solutions (SMEs), Netherlands
Eindhoven University of Technology, Netherlands
JEF (SME), Italy
Università Politecnica delle Marche, Italy
INCRA (end-user), Italy
Hospital University of Geneva (end-user)

Funding

EU AAL-GUARDIAN (AAL-2019-6-120-CP) (2020-2022)

summary

Quantified Flu is a project exploring personal tracking and infectious disease. There is past preliminary data which shows that the data from wearables (like resting heart rate and sleep quality) might be predictive of coming down with a flu and the common cold. We evaluate it for COVID-19.

partner institutions

Led by Open Humans Foundation (USA)

Funding

Open Humans Foundation (USA)

summary

Life is too short to wait!
QueueForMe lets users to subscribe to virtual waiting queues, for instance in airports, hospitals, or busy food trucks, and to be notified when their turn arrives. The innovation is the use of a generic machine learning algorithm applied to queue modeling, to compute the best estimated waiting time.

partner institutions

Labsis Sàrl

funding

Innosuisse

summary

APP PITCH: Either you are frequent or occasional user of TPG services and you want more comfort during your commutes, we have a service designed for you!
UnCrowd TPG can change the way you will experience public transport in Geneva. By combining real-time public transport data with live crowd inputs from other UnCrowd TPG users, commuters like you can get suggestions about the most comfortable and less crowded way to travel. You can contribute while you enjoy UnCrowd TPG features for free!

project partner

Part of thesis of Dr Mattia GUSTARINI, MobileThinking.ch

Funding

Internal CUI/ISS, partially SNSF PCS-OBEY
TPG

summary

BabelDR helps medical professionals at HUG (University Hospital Geneva), particularly in the emergency and immigrant health service departments, to communicate with patients who have no language in common. BabelDR is a spoken language translation system of dialogues in the medical domain that includes Tigrinya, Arabic, Farsi, Albanian, Spanish and Sign language. In order to face the actual sanitary crisis, the Covid 19 domain has been added to the system.

partner institutions

Funding

Fondation privée des HUG

résumé

La crise sanitaire provoquée par le SARS-Cov2 entraîne une sollicitation ac-crue du système de soins. Or, la nouvelle loi sur les épidémies ne traite que de manière succincte du ﬁnancement de ces soins, postulant la subsidiarité de l’intervention des pouvoirs publics par rapport à celle des assurances sociales. Les semaines qui viennent de s’écouler ont montré que l’articulation entre la loi sur les épidémies et la législation en matière d’assurances sociales est tout sauf claire, de même que les conditions de l’intervention de certaines assurances sociales, à commencer par l’intervention de l’assurance-accidents en cas de maladie professionnelle.

Plus d'informations

Anne-Sylvie Dupont, "La prise en charge des soins de santé en cas d’épidémie", in : Jusletter 22 juin 2020.

Medication adherence during COVID pandemic

Professor Marie Schneider
Adjunct professor, Pharmaceutical sciences section, Faculty of sciences, University of Geneva

Summary

We will analyse retrospectively adherence to chronic medications in patients during the COVID pandemic. We will compare medication adherence before - during - after the confinement, and analyse how the confinement, as an independent variable, influences adherence to chronic treatments.

Project partners

Pr. Matthias Cavassini, CHUV, UniL;
Pr. Chantal Csajka, ISPSO, UNIGE, UniL;
Dre Dorothea Wagner, oncology, CHUV;
Dre Anne Zanchi, diabetology and nephrology, CHUV.

Funding

Part of funding for research in medication adherence (2 grants)

Qualité de l'air et COVID-19

Mario B. Rohrer
Collaborateur scientifique, Institut des sciences environnementales, Faculté des sciences, UNIGE

Professeur Antoine Flahault
Professeur ordinaire, Institut de santé globale, Faculté de Médecine, UNIGE

résumé

La corrélation entre la concentration élevée en particules fines et la gravité des vagues de grippe est bien connue des épidémiologistes. Une équipe interdisciplinaire de l’Université de Genève (UNIGE) et de Meteodat, spin-off de l’École polytechnique fédérale de Zurich, a étudié les interactions possibles entre des niveaux très élevés de particules fines et la virulence de la maladie COVID-19. Leurs résultats, publiés dans la revue Earth Systems and Environment, suggèrent que les fortes concentrations de particules fines de moins de 2,5 micromètres peuvent moduler, voire amplifier, les vagues de contamination du SARS-CoV-2 et expliquer en partie le profil particulier de la pandémie de la maladie COVID-19. L’augmentation en particules fines est généralement favorisée par les inversions de température de l’air, caractérisées par les situations de brouillard, ou par les intrusions de poussières sahariennes. L’étude donne des pistes préventives liées à la pollution de l’air pour limiter les futures flambées de morbidité et de mortalité dues au coronavirus.

institutions partenaires

Plus d'informations

Communiqué de presse "COVID-19: la qualité de l’air influence la pandémie", publié le 24 novembre 2020.

Article "Peaks of Fine Particulate Matter May Modulate the Spreading and Virulence of COVID-19", Earth Systems and Environment, DOI: 10.1007/s41748-020-00184-4

PERCEPTION DES CERTIFICATS D’IMMUNITÉ ET DE VACCINATIONAUPRÈS DE LA POPULATION GENEVOISE

Professeur Idris Guessous
Professeur associé, Faculté de médecine UNIGE & Médecin-Chef du Service de médecine de premier secours, HUG.

Dre Mayssam Nehme
Service de médecine de premier secours, HUG & Centre universitaire de médecine générale et de santé publique, Université de Lausanne.

Dre Silvia Stringhini
Responsable de l’Unité d'épidémiologie populationnelle, Service de médecine de premier secours, HUG.

Résumé

Alors que les certificats d'immunité et de vaccination au COVID-19 sont discutés dans la population générale, les HUG ont mené une étude pour élucider l'opinion publique sur l’acceptabilité et la faisabilité de tels certificats immunitaires et sur la vaccination. Un questionnaire a été proposé, entre le 27 mai et le 27 juin 2020, aux 1520 participants de l’étude SEROCoV-POP, une enquête de séroprévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 dans la population du canton de Genève.

Sur 1425 sujets ayant répondu à l’enquête, environ 80% pensent que le statut sérologique entraînerait un changement de comportement chez la population générale. Si la présence d’anticorps était corrélée à une immunité prouvée, 60% des participants sont d’accord de proposer des certificats d’immunité à la population générale. Les résultats ont mis en évidence des variations de perception selon le contexte : 73% trouvent une utilité des certificats pour voyager, 72% pour traverser des frontières nationales et 32% pour avoir le droit de travailler. Environ 68% des participants ont signalé un potentiel risque de discrimination si des certificats immunitaires sont proposés et 28% un risque d'infection délibérée. A condition qu'un vaccin efficace soit disponible, 55% des participants sont pour rendre obligatoire la vaccination et 49% pour qu'un certificat de vaccination le soit également. Des différences ont été observées selon l'âge, le sexe et le niveau d'éducation.

Cette étude montre que la population adulte genevoise peut envisager des scénarios dans lesquels des certificats d'immunité et de vaccination au COVID-19 seraient utiles. A ce jour, les estimations de la séroprévalence des anticorps anti-SARS-CoV-2 restent faibles et l'interprétabilité des tests sérologiques et de l'immunité reste indéfinie. Toutefois, si des certificats liés au COVID-19 étaient mis en œuvre, les résultats de cette étude devraient être pris en compte.

institutions partenaires

Plus d'informations

Article "Perceptions of immunity and vaccination certificates among the general population: a nested study within a serosurvey of anti-SARS-CoV-2 antibodies (SEROCoV-POP)". DOI: https://doi.org/10.4414/smw.2020.20398 publié le 17.11.2020.

Réalisation et croissance de couches minces epitaxiales or/mica.

Professor Christoph Renner,
Laboratoire de Technologie Avancée, Faculté des sciences, Université de Genève

Dr. Jorge Cors
Laboratoire de Technologie Avancée, Faculté des sciences, Université de Genève

résumé

Ces couches minces sont utilisées pour l’observation directe des virus par microscopie à sonde locale. De nombreuses ressources ont été investies par le LTA pour l'optimisation de l'élaboration de ces couches.

institutions partenaires

Plusieurs universités et institutions dans le monde

HES-SO Genève Hepia

Statistical Decision Properties of Imprecise Trials Assessing COVID-19 Drugs

Prof. Aleksey Tetenov
Full Professor, Institute of Economics and Econometrics, Geneva School of Economics and Management, University of Geneva

SUMMARY

As the COVID-19 pandemic progresses, researchers are reporting findings of randomized trials comparing standard care with care augmented by experimental drugs. The trials have small sample sizes, so estimates of treatment effects are imprecise. Seeing imprecision, clinicians reading research articles may find it difficult to decide when to treat patients with experimental drugs. Whatever decision criterion one uses, there is always some probability that random variation in trial outcomes will lead to prescribing sub-optimal treatments. A conventional practice when comparing standard care and an innovation is to choose the innovation only if the estimated treatment effect is positive and statistically significant. This practice defers to standard care as the status quo. To evaluate decision criteria, we use the concept of near optimality, which jointly considers the probability and magnitude of decision errors. An appealing decision criterion from this perspective is the empirical success rule, which chooses the treatment with the highest observed average patient outcome in the trial. Considering the design of recent and ongoing COVID-19 trials, we show that the empirical success rule yields treatment results that are much closer to optimal than those generated by prevailing decision criteria based on hypothesis tests.

PARTNER INSTITUTION

Prof. Charles F. Manski, Northwestern University,

FUNDING

SNSF grant “Bringing Empirical Welfare Maximization methods to practice”

Résumé

L’étude Covidoscope vise à mettre au point un stéthoscope électronique autonome embarquant un algorithme d’intelligence artificielle capable de reconnaître les bruits pulmonaires. L’analyse des bruits respiratoires des patients atteints de COVID-19 permettra de mettre au point l’intelligence artificielle capable de reconnaître automatiquement la maladie. Ce matériel pourra ensuite être utilisé à l’hôpital, aussi bien qu’en ville (pharmacie, consultations) afin de screener et de suivre largement la population. Une utilisation directement par le patient est également à l’étude.

institutions partenaires

Financement

Fondation privée des HUG

Stage de médecine de premier recours 3MA et COVID-19

Professeure Dagmar M. Haller
Professeure assistante, Santé et Médecine Communautaire, Unité des Internistes Généralistes et Pédiatres, Faculté de médecine, Université de Genève

résumé

Le projet a pour but d’explorer le vécu des médecin de ville lors du stage dans leur cabinet des étudiants en médecine 3MA en mai 2020, avec un focus sur la manière de maintenir le double rôle clinicien-enseignant en période de pandémie.

institutions partenaires

Projet coordonné par Dr Eva Pfarrwaller, UIGP et impliquant des médecins de famille genevois, chargés d'enseignement en cabinet

Plus d'informations

COVID-19: projets de recherche menés par l'UIGP

The LTA contributes to the research on the Covid-19

Professor Christoph Renner,
Laboratory of Advanced Technology, Faculty of sciences, University of Geneva

Dr. Jorge Cors
Laboratory of Advanced Technology, Faculty of sciences, University of Geneva

summary

To achieve optimal virus detection using surface plasmon resonance (SPR), a leading SPR manufacturer is relying on glass prisms with a high-quality gold thin film sensor custom grown in the LTA laboratory.

partner institutions

A leading SPR manufacturer
HES-SO Genève Hepia

Summary

This study presents a sociosemiotic analysis of practices of naming COVID-19 and its causative virus as reflected in eight influential newspapers of four countries in three languages in January-February 2020. It focuses on the impact of the names established by the WHO and the ICTV on the newspapers’ naming patterns, and the implications of inappropriate names. This is further illustrated by the coverage of a subsequent political controversy on COVID-19 naming in the USA.

résumé

Collaboration avec quatre laboratoires français pour récolter des éléments cliniques en même temps que prélèvement naso pharyngé pour la réalisation d’une RT-PCR. Plus de 1400 situations ont été récoltées, dont environ 20% de positifs.

institutions partenaires

Drs Hubert Maisonneuve et Paul Sebo, UIGP Laboratoires français
Dr Benoit Tudrej (Lyon - France)

Plus d'informations

Tudrej B, Sebo P, Lourdaux J, Cuzin C, Floquet M, Haller DM, Maisonneuve H., "Self-Reported Loss of Smell and Taste in SARS-CoV-2 Patients: Primary Care Data to Guide Future Early Detection Strategies." Journal of General Internal Medicine, 2020 June 9:1–3. DOI: 10.1007/s11606-020-05933-9.

Sebo P, Tudrej B, Lourdaux J, Cuzin C, Floquet M, Haller DM, Maisonneuve H., "Clinical characteristics of SARS-CoV-2 patients: a French cross-sectional study in primary care." Research Square (DOI: 10.21203/rs.3.rs-34635/v1).

COVID-19: projets de recherche menés par l'UIGP

Inhibitors of SARSCoV-2 life cycle

Professeur Hanos Halazonetis
Full professor, Department of molecular biology, Faculty of sciences, University of Geneva

abstract

M^pro, also known as 3CL^pro, is the main protease of the SARS-CoV-2 coronavirus and, as such, is essential for the viral life cycle. Two studies have each screened and ranked in silico more than one billion chemical compounds in an effort to identify putative inhibitors of M^pro. More than five hundred of the seven thousand top-ranking hits were synthesized by an external supplier and examined with respect to their activity in two biochemical assays: a protease activity assay and a thermal shift assay. Two clusters of chemical compounds with M^pro inhibitory activity were identified. An additional five hundred molecules, analogues of the compounds in the two clusters described above, were also synthesized and characterized in vitro. The study of the analogues revealed that the compounds of the first cluster acted by denaturing M^pro and might denature other proteins as well. In contrast, the compounds of the second cluster targeted M^pro with much greater specificity and enhanced its melting temperature, consistent with the formation of stable M^pro-inhibitor complexes. The most active compounds of the second cluster exhibited IC₅₀ values between 4 and 7 μM and their chemical structure suggests that they could serve as leads for the development of potent M^pro inhibitors.

Résumé

La recherche d’anticorps peut être un outil puissant pour suivre la propagation d’infections par le SARS-CoV2, le virus responsable de la pandémie de COVID-19. Un groupe de scientifiques de l’EPFL, de l’UNIGE et des HUG a développé un test d’anticorps fiable et bon marché qui permet d’analyser plus de 1000 échantillons à la fois et ne nécessite qu’une petite goutte de sang, comme celle que l’on obtient à partir d’une piqûre au bout du doigt.

Institutions partenaires

Plus d'informations

Communiqué de presse "Un test pour le COVID-19 détecte des anticorps dans le sang", publié le 3 mai 2021.

diagnostic / diagnosis

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épidémiologie / epidemiology

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Immunologie et vaccin / Immunology and vaccine

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