Initialement centré sur l’étude et la surveillance du Léman et de son bassin versant, les études menées ont largement dépassés les frontières du bassin lémanique part pour s’intéresser à d’autres environnements aquatiques en Suisse et au-delà. Cependant, le Léman reste toujours en laboratoire naturelle de choix pour l’étude des processus naturels en milieu lentique. 

De 1993 à 2007, il est le siège du secrétariat du Master en sciences naturelles de l’environnement, formation interdisciplinaire regroupant des enseignements des diverses sections de la faculté des sciences, et d’autres facultés de l’Université de Genève.

Actuellement, l’Institut est supporté financièrement par l’Université de Genève, à travers des projets financés par le Fonds national suisse de la recherche scientifique, ainsi que par des mandats de surveillance ou de recherche de la Confédération et des cantons.

L’évolution de l’offre en formation en sciences de l’environnement a mené un regroupement des enseignants de la Faculté des sciences, orientés dans ce domaine, au sein d’une structure unique. Le choix de la Faculté s’est porté sur l’institut F.-A. Forel comme unité d’accueil de ces enseignants dès 2009.