Stephan Harbarth obtient en 1993 un diplôme de médecin de l’Université de Munich, qu’il complète par une formation en médecine interne et en maladies infectieuses à Munich et à Genève. Après avoir été chargé de recherche clinique dans la division des maladies infectieuses du service de médecine interne des Hôpitaux universitaires de Genève, il effectue, de 1998 à 2000, une formation post-graduée en épidémiologie à la Harvard School of Public Health, couronnée par un Master of Science en épidémiologie, et mène, jusqu’en 2002, des activités de recherche au Children’s Hospital de la Harvard Medical School. En avril 2007, il est nommé médecin-adjoint agrégé au Service prévention et contrôle de l’infection des HUG, et comme consultant au sein du Service des maladies infectieuses. Privat-docent de la Faculté de médecine depuis 2006, Stephan Harbarth est nommé professeur associé au Département de médecine interne des spécialités (devenu depuis le Département de médecine) en 2010, avant d’être promu à la fonction de professeur ordinaire en septembre 2018.

Son activité de recherche se concentre sur l’épidémiologie et la prévention des infections résistantes aux antibiotiques, ainsi que sur le contrôle de l’utilisation des antibiotiques. Expert renommé dans ce domaine, il participe à de nombreux comités d’experts nationaux et internationaux. Les travaux du Dr Harbarth ont remporté plusieurs prix. Son groupe mène actuellement plusieurs études cliniques et épidémiologiques pour évaluer les questions clés liées au contrôle de l'acquisition, de la transmission et de l'infection par des micro-organismes multirésistants et le fardeau clinique et sanitaire connexe. Il participe à plusieurs études en cours à grande échelle financées par l'UE (REVERSE, ECRAID, COMBACTE) et a dirigé l’important projet européen «Drive AB», qui coordonnait plus de 20 institutions partenaires publiques ou privées issues de 12 pays européens pour lutter contre cette menace pour la santé publique.

Stephan Harbarth a mené de multiples études cliniques et épidémiologiques sur le contrôle de l’acquisition et la transmission de bactéries multi-résistantes. En particulier, ses études sur l'impact et le contrôle de la transmission nosocomiale de MRSA et BLSE ont amélioré la capacité à combattre ces micro-organismes. Ses intérêts de recherches complémentaires incluent l'épidémiologie moléculaire de bactéries émergentes, la pharmaco-épidémiologie et l’amélioration de l’utilisation antibiotique, et le diagnostic rapide des infections sévères.

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