Happy Mkali est titulaire d'un bachelor en biotechnologie et sciences de laboratoire de l'Université d'agriculture de Sokoine (Morogoro, Tanzanie) et d'un master en biologie moléculaire de la Vrije Universiteit Brussel (Bruxelles, Belgique) qu'elle a obtenu en 2016 et a continué à travailler avec l'Ifakara Health Institute (IHI) en Tanzanie pour un projet de surveillance mondiale sur les virus zoonotiques émergents. En 2020, elle a rejoint le programme de doctorat en sciences biomédicales (Global Health track) à l'Université de Genève sous la direction du professeur Isabella Eckerle. Son projet de doctorat porte sur la surveillance intelligente et la détection précoce des épidémies sur la base d'un algorithme électronique d'aide à la décision clinique utilisé pour la prise en charge des enfants malades en Tanzanie