[929] Groupe Thomas Matthes
Analyses cellulaires et moléculaires des hémopathies malignes
Le diagnostic des leucémies et lymphomes est basé sur une synthèse de résultats émanant de plusieurs techniques de laboratoire: analyses morphologiques par microscopie, analyses immunophénotypiques par cytométrie en flux, analyses chromosomiques par caryotype et FISH, ainsi que des analyses génétiques employant des méthodes de biologie moléculaire (p.ex.: PCR, qRT-PCR). Seule l'interprétation correcte de ces différentes analyses par des spécialistes permet de formuler le diagnostic précis et l'élaboration d'une approche thérapeutique adaptée. Notre groupe développe des nouvelles méthodes moléculaires avec le but de perfectionner et en même temps simplifier la classification des hémopathies malignes.
Projet 1: Diagnostic par analyse du profil d'expression génique.
Depuis le développement des micropuces qui permettent l'analyse de l'expression globale du profil génique d'une population cellulaire, plusieurs études ont montré le potentiel de cette approche dans la classification des leucémies aiguës et des lymphomes. Notre recherche utilise une approche similaire en combinant un nouveau système d'analyse digitale du profil d'expression génique plus sensible et plus précis que la méthode des micropuces avec des nouvelles méthodes mathématiques d'analyse des données. En collaboration avec une équipe de la Haute Ecole HEIG-VD d'Yverdon nous developpons des algorithmes d¿analyses supervisées et non-supervisées basés sur la logique floue pour optimiser le processus de classification pour chaque patient.
Projet 2: Diagnostic par séquençage haut débit.
Au cours des dernières années est apparue une nouvelle génération de séquenceurs dits à haut débit permettant probablement dans les années à venir le séquençage du génome entier d'un patient dans un laboratoire hospitalier de génétique moléculaire. Le séquençage d'un génome tumoral présente néanmoins un certain nombre de difficultés (taille et état de conservation de la pièce, ploïdie, hétérogénéité cellulaire clonale et sous-clonale...). En outre les mutations sont somatiques et variées (mutations ponctuelles, délétions, duplications, insertions/délétions, réarrangements...). Tous ces éléments rendent indispensables la comparaison génome tumoral/génome constitutionnel du malade. Notre projet actuel porte sur le séquençage après capture de régions particulières du génome, en collaboration avec la compagnie Sophia Genetics et D.Hochstrasser (DMGL, HUG).
Projet 3: Analyse de la molécule d'adhésion JAM-C comme marqueur de lymphome et cible de traitement.
La molécule JAM-C est une molécule d'adhérence, exprimée à la surface des cellules endothéliales des vaisseaux sanguins au niveau des jonctions intercellulaires. Elle est impliquée dans la migration des cellules hématopoïétiques à travers la barrière endothéliale et l'accumulation des leucocytes au lieu d'une inflammation tissulaire. Nous avons montré que JAM-C est également exprimé à la surface des lymphocytes B et que les lymphocytes tumoraux de certains lymphomes B expriment fortement JAM-C, ce qui nous suggère que cette molécule pourrait être impliquée dans la croissance de ces lymphomes ainsi que dans leur dissémination. Notre recherche vise à étudier dans un modèle murin, si un traitement avec des anticorps -JAM-C ou des ligands solubles de JAM-C pourrait diminuer la croissance de lymphomes B et la migration des lymphocytes tumoraux dans les organes lymphoïdes. Ce projet devrait nous permettre d'établir JAM-C comme une cible pour une immunothérapie des lymphomes B.