Clinique
L’apparition d’un variant résulte de l’évolution naturelle d’un virus avec le temps, qui acquière des mutations lui conférant un avantage lors de ces cycles de réplication.
Le virus Sars-CoV-2 mute relativement peu pour un virus à ARN (par comparaison au virus de la grippe ou au HIV ) car il possède une ARN-polymérase-ARN dépendante qui est une enzyme qui permet de corriger les erreurs à chaque cycle de réplication. Cependant, lors de chaque infection il y a des millions voire milliards de particules virales produites, et au vu du grand nombre de patients infectés il y a un grand nombre d’événements de possibles mutations. Ces mutations arrivent à chaque cycle de réplication de génome, par erreur de réplication du génome : elles peuvent être des insertions, des délétions ou des substitutions de nucléotides, qui peuvent soit entrainer une mutation dite synonyme (effet synonyme car pas de changement d’acide aminé) ou non-synonyme (changement d’acide aminé). Elles ont donc sur le virus soit un impact neutre, soit négatif (virus ne supporte pas), soit un impact positif qui va favoriser la sélection du variant.
Les mutations peuvent apparaitre tout au long du génome. Toute mutation qui arrive sur le site de liaison de la protéine spike à son récepteur (endroit de liaison avec le récepteur ACE2 de la cellule qui lui permet d’entrer dans la cellule) peut avoir un effet (négatif ou positif) sur l’entrée du virus dans la cellule ou sur la reconnaissance du virus par le système immunitaire, puisqu’une très grande partie des anticorps neutralisants visent la protéine spike.
Il y a déjà plusieurs milliers de variants mis en évidence depuis la découverte du virus en décembre 2019. Très tôt après la découverte du virus, encore en Chine, une mutation permettant une entrée facilitée dans la cellule était déjà identifiée (D614G). On appelle un variant préoccupant « variant of concern ou VOC », des variants qui ont plusieurs mutations sur la protéine S et qui peuvent avoir soit une transmissibilité augmentée, une sévérité accrue ou encore qui sont capables d’échapper au système immunitaire d’entrainer des échecs de détection ou des échecs de traitement.
Principaux variants VOC préoccupants
Epidémiologie
Le variant B.1.1.7 « anglais » retrouvé partout dans le monde, a progressivement remplacé les variants qui circulaient précédemment. Le variant B..1.351, pour la première fois identifié en Afrique du Sud circule surtout en Afrique du Sud et subsaharienne, et en Amérique du Nord.
Le variant P.1 « identifié pour la première fois chez des voyageurs en provenance du Brésil » se retrouve surtout en Amérique du Sud et du Nord. Le variant B.1.617 « indien » a récemment été identifié en Europe, principalement en Angleterre, et déjà en Suisse.
En Suisse depuis fin février, le B.1.17 est à l’origine de la majorité des cas et a remplacé les autres variants >95% en raison de la transmissibilité augmentée. On observe à Genève une circulation communautaire à bas bruits du variant B.1.351 depuis fin janvier. Peu de cas, principalement liés à des importations, de variants P.1, sont régulièrement identifiés. Le variant B.1.617 (indien) a été identifié dans une dizaine de cas sur des prélèvements dès mi-avril.
Variant « indien B.1.617
Observé la première fois en Inde en octobre 2020, il est considéré comme un variant préoccupant « VOC » en raison d’un possible plus grand potentiel de transmission. Il est parfois appelé à tort « double mutant », car certaines sous lignées comportent 2 mutations qui pourraient participer à l’échappement immunitaire. En réalité, cette lignée comporte plus de 15 mutations sur le génome, dont 7 sur le gène de la protéine spike.
Il en existe 3 sous-lignées. Celle qui a été identifiée à Genève est leB.1.617.2, et ne contient qu’une seule des 2 mutations connues pour conférer un pouvoir d’échappement au système immunitaire, appelée L452R. Il ne contient pas la mutation E484Q.
La situation épidémiologique en Inde, ou est observée une nette augmentation du nombre de cas ne permet pas avec certitude de savoir si la vague est liée aux propriétés du variant ou s’il s’agit d’un dépassement du système de santé Indien. Basé sur l’analyse de la situation épidémiologique en Angleterre, ou un doublement du nombre de cas a été observé en l’espace d’une semaine, ce variant pourrait avoir une transmissibilité augmentée et entrer en compétition avec B.1.17, le variant « anglais ». Ces données restent préliminaires et pourraient résulter simplement à un nombre important de nouvelles importations de ce variant en provenance d’Inde sur une courte période.
Il pourrait aussi avoir un échappement au système immunitaire. In vitro, on observe une diminution des capacités de neutralisation par les sérums convalescents et les sérums de vaccins.
Si on compare avec ce qu’on connait des autres variants, à la fois les données de neutralisation in vitro mais aussi les données existantes de vraie vie, l’efficacité vaccinale serait conservée. En effet, la diminution de la capacité de neutralisation des sérums vaccinés in vitro contre le variant « sud africain » est beaucoup plus importante que contre le variant « indien ». Or, les données de la « vraie vie » pour le variant « sud-africain » sont encourageantes avec les études après vaccination « Pfizer » qui montrent 75 % de protection contre l’infection et 100% de protection contre la maladie sévère, donc des résultats a priori rassurants par rapport au variant « indien » également.
Réponse aux anticorps monoclonaux
Traitement qui va arriver en Suisse très prochainement, du laboratoire Regeneron (association casivirimab et imdevimab) montre que le variant « indien » reste sensible à ce « cocktail ».
Questions en suspens
-transmissibilité augmentée ? à confirmer
-phénotype différent : pas de données chez l’homme
-risque de réinfections : ne semble pas décrites
-protection conférée par la vaccination : probable
Consultation au SMPR depuis mars 2020 : consultation multidisciplinaire avec la contribution de différents spécialistes, ainsi qu’un colloque hebdomadaire pour la présentation et discussion de cas.
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Définition du Covid long :
Symptômes de plus de 4 semaines
Les symptômes du Covid long peuvent être des clusters de différentes associations de symptômes parmi ceux recensés. Les symptômes de fatigue sont 8 fois plus fréquemment retrouvés que parmi les groupes contrôles de patients de la population n’ayant pas eu le Covid.