Patrick Ammann effectue ses études de médecine à Fribourg et Genève. Après un diplôme fédéral de médecin obtenu en 1981, il poursuit sa formation clinique en médecine interne et une spécialisation en maladies osseuses à Fribourg et Berne. Il rejoint le service des maladies osseuses des HUG en 1989, où il occupe diverses fonctions au cours de sa carrière, notamment à l’hôpital des Trois-Chêne où il est responsable du programme d’ortho-gériatrie MUSCLOS, une unité de réhabilitation destinée aux personnes âgées présentant une ostéoporose fracturaire.

Responsable d’un groupe d’investigations précliniques de l’ostéoporose et du métabolisme osseux, ses recherches portent sur le développement du squelette, les propriétés mécaniques des os et la physiopathologie de l’ostéoporose. Il a particulièrement étudié l’ostéoporose de la mandibule, l’osséointégration d’implants et les implications de la qualité intrinsèque du tissu osseux dans la compréhension de la fragilité osseuse. Nommé professeur associé au Département de médecine interne générale, réhabilitation et gériatrie en 2013, puis affilié au Département de médecine, il prend sa retraite en septembre 2021.