Pierre-Yves Martin effectue ses études de médecine à Genève, puis une formation en médecine interne qu’il complète par une formation en néphrologie. Il passe ensuite plusieurs années à l’Université du Colorado, à Denver, où il travaille sur les mécanismes extra-rénaux de la rétention hydro-sodée. Il y est également nommé professeur assistant en 1997. De retour à Genève, il rejoint le service de néphrologie des HUG, service dont il prend la tête dès 2000, ce dernier devenant le service de néphrologie et hypertension en 2018. Il est également directeur hospitalier du Département de médecine dès 2013.

Spécialiste de l’insuffisance rénale aiguë, du syndrome hépatorénal et des troubles électrolytiques, il travaille plus précisément sur la régulation rénale des aquaporines. Son groupe de recherche est en outre affilié dès 2010 au Pôle de recherche national (NCCR) Kidney.ch. Sous son impulsion, son service renforce son expertise clinique, notamment dans le domaine des greffes rénales avec donneurs vivants et dans la prise en charge globale de l’insuffisance rénale chronique. Il développe une recherche clinique dans plusieurs aspects de la néphrologie et l’hypertension avec notamment un projet SPUM nommé SKIPOGH avec Lausanne et Berne. Très investi dans les sociétés savantes de sa spécialité, tant en Suisse qu’au niveau international, Pierre-Yves Martin et s’est aussi beaucoup impliqué dans la vie institutionnelle de la Faculté de médecine en occupant de nombreuses charges au sein de divers comités et commissions ainsi que dans l’enseignement pré- et post-
gradué. Il a également été membre puis a présidé le Conseil d’éthique clinique. Il est nommé privat-docent au Département de médecine interne de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2000, professeur associé en 2002 puis promu à la fonction de professeur ordinaire en 2010. Il est nommé professeur honoraire en octobre 2021.