Philippe Eigenmann effectue ses études de médecine à Genève. Après une formation en pédiatrie, sa spécialisation en allergologie pédiatrique le conduit à l’Université Johns Hopkins, à Baltimore. En parallèle à sa formation clinique, il y effectue des travaux de recherche dans le domaine de l’allergie alimentaire. À son retour aux HUG en 1996, il développe une consultation d’allergologie pédiatrique au sein du service des spécialités pédiatriques ; il en est le responsable depuis 2013. Il poursuit en outre ses recherches sur la prévention et le traitement des allergies alimentaires et fonde le premier programme académique de recherche et d’enseignement en allergologie pédiatrique en Suisse.

Philippe Eigenmann est membre du comité éditorial de plusieurs revues, et est depuis 2019 éditeur en chef de Pediatric Allergy and Immunology, le journal le plus cité de la spécialité. Il est également très actif dans les sociétés savantes nationales et internationales du domaine, notamment dans le cadre de l’Académie européenne d’allergologie et immunologie cliniques (EAACI) où il a présidé la section de pédiatrie et est membre du comité exécutif. Il a également présidé le congrès annuel de l’EAACI à Genève en 2012. Au niveau national, Philippe Eigenmann a présidé la Société suisse d’allergologie et immunologie, dont il est membre d’honneur. Promu à la fonction de professeur associé en 2012, il est nommé professeur ordinaire au Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique en novembre 2021.