Christine Bouchardy obtient un doctorat en médecine à Genève en 1984, qu’elle complète par des titres de spécialiste en médecine interne puis en santé publique, ainsi que par un diplôme de biostatistique de l’Institut Pierre et Marie-Curie à Paris. Elle se spécialise par la suite en épidémiologie du cancer et obtient deux bourses de recherche, de l’Institut Gustave Roussy de Villejuif et du Centre international de recherche sur le cancer à Lyon. Directrice du Registre genevois des tumeurs de la Faculté de médecine de l’UNIGE dès 1992, elle est nommée professeure associée au Département de santé et médecine communautaires en 2008, puis  professeure ordinaire en 2018. Parmi ses nombreuses activités, elle a notamment mis sur pied le Programme genevois de dépistage du cancer du sein et a contribué à la création de l’Institut national d’épidémiologie du cancer en Suisse, dont elle a assuré la vice-présidence.

Ses recherches ont principalement porté sur les facteurs de risques, le dépistage et l’évaluation de l’efficacité des traitements du cancer au sein de la population. Elle prend sa retraite en septembre 2019.