Henri Bounameaux effectue ses études de médecine à l’Université de Bâle, et y obtient un doctorat en 1978. Après des internats en médecine interne à Bâle, Montreux et Genève et un séjour post-doctoral de deux ans à l’Université de Leuven (Belgique), il revient aux HUG en 1985. Médecin adjoint dès 1988, il est nommé médecin-chef du Service d’angiologie et d’hémostase du Département de médecine interne des HUG en 1993, fonction qu’il exerce jusqu’à fin 2015. Henri Bounameaux a également dirigé le Département de médecine interne des HUG de 2002 à 2010. Privat-docent de la Faculté de médecine en 1988, il est nommé professeur adjoint au Département de médecine interne en 1997 et accède à la fonction de professeur ordinaire en 2002. Son domaine de recherche concerne tous les aspects de la maladie thromboembolique veineuse, de l’épidémiologie à la prévention en passant par le diagnostic et le traitement. Son service est d’ailleurs devenu un centre expert dans le domaine de l’embolie pulmonaire au niveau international. Henri Bounameaux a également présidé le Council de l’International Society on Thrombosis and Haemostasis (ISTH) de 2010 à 2012 et s’est vu décerner un Distinguished Career Award de cette société en 2009. Il est élu en 2015 membre individuel de l’Académie suisse des sciences médicales.

En 2011, il est élu doyen de la Faculté de médecine, fonction qu’il exerce durant huit ans, en parallèle avec celle de Directeur de l’enseignement et de la recherche des HUG. Ces deux mandats lui ont notamment permis d’imprimer une priorité pour la recherche translationnelle, de développer une stratégie de fundraising plus active et de resserrer les liens avec les HUG. Durant cette période, la Faculté a en outre poursuivi des développements innovants en matière d’enseignement, se maintenant ainsi parmi les facultés de médecine en pointe dans ce domaine. Il est nommé professeur honoraire en juillet 2019.