Jacques Philippe obtient un diplôme de médecin à Genève en 1978 puis effectue une formation en médecine interne aux HUG, à l’Université du Tennessee et à Harvard, où il se spécialise en endocrinologie et diabétologie. De retour à Genève en 1988, il  établit un laboratoire au Département de microbiologie de la Faculté de médecine et rejoint l’Unité de diabétologie des HUG. En 1994, il est nommé médecin responsable d’unité au sein du nouveau Service d’endocrinologie et diabétologie, service dont il prend la tête en 1998. Ses recherches portent sur l’expression et la régulation des gènes de l’insuline et du glucagon, les défauts génétiques du diabète et la transplantation d’îlots de Langerhans. Lauréat de nombreux prix, il a notamment été distingué par la Fondation Cloëtta, la Capps Foundation de Harvard, la Diabetes Research and Education Foundation, la Fondation suisse du diabète ou encore la Société suisse de médecine interne. Il a en outre été le président la Société suisse d’endocrinologie et  diabétologie qu’il a co-fondée et de la Société médicale de Genève, ainsi que membre du conseil de l’European Association for the Study of diabetes (EASD) et de la Société francophone du diabète. Privat-docent de la Faculté de médecine en 1990, puis professeur associé en 1995, il est nommé professeur ordinaire en 1998. Il a par ailleurs été vice-doyen responsable de la recherche de 2003 à 2011 et président du Collège des chefs de service des HUG de 2013 à 2018. Il accède à la fonction de professeur honoraire en octobre 2019.