Pierre-André Guerne obtient un Diplôme fédéral de médecin à Genève en 1980. Il se lance ensuite dans des recherches en immunologie cellulaire, puis dans une formation de médecine interne. Il commence sa carrière en rhumatologie clinique en 1986. Il part alors pour San Diego où il poursuit des travaux de recherche fondamentale sur l’inflammation dans la polyarthrite rhumatoïde et l’arthrose à la Scripps Clinic, puis poursuit sa formation en rhumatologie clinique à l’Université de Californie où il obtient un Fellowship Certificate. En 1990, il réintègre le Service de rhumatologie des HUG. Il y poursuit des recherches fondamentales, notamment sur la biologie du cartilage, et obtient cinq subsides successifs du FNS et de la Commission européenne. En parallèle, il poursuit sa formation clinique, avec un intérêt particulier pour les maladies microcristallines et immunoinflammatoires; dans ce cadre, il obtient un fond européen pour un programme de recherche clinique sur les myosites. Au niveau de l’enseignement, il participe à la formation pré- et post-graduée de la Faculté de médecine, et développe notamment un programme de «patients-partenaires» pour la polyarthrite rhumatoïde. Nommé professeur titulaire au Département de médecine interne des spécialités de la faculté de médecine en 2007, il prend sa retraite en novembre 2019.