Daniel Huber débute sa carrière académique par un diplôme de zoologie de  l’Université de Zurich en 1998. Il obtient ensuite, en 2005, un doctorat en  neurosciences de l’Université de Lausanne. Il part ensuite aux États-Unis dans le cadre d’un séjour post-doctoral au Cold Spring Harbor Laboratory, à New York, ainsi qu’au Janelia Research Campus, en Virginie, où il poursuit des recherches sur les circuits sensoriels et moteurs du cortex. Lauréat d’une bourse professorale du FNS, il revient en Suisse et établit un laboratoire au sein du Département des neurosciences fondamentales de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2012. Il obtient ensuite plusieurs financements prestigieux, dont une bourse ERC Consolidator de l’Union européenne, ce qui lui permet d’étendre ses recherches vers la neuroprosthétique sensorielle et motrice de la main. Nommé professeur assistant au Département des neurosciences fondamentales en 2012, il accède à la fonction de professeur associé en juin 2019.