Jean-Paul Vallée effectue des études de médecine à Genève qu’il complète par une formation en radiologie. En parallèle à son cursus médical, il poursuit des études de physique à l’Université de Genève, où il obtient un diplôme en 1993. Il part ensuite au Duke Medical Center à Durham, aux Etats-Unis, pour effectuer des travaux de recherche sur la quantification de la perfusion myocardique par IRM. Il obtient un doctorat en Sciences (mention Physique) en 1999. Aux HUG, il est responsable de l’Unité d’imagerie numérique de la division d’informatique médicale de 1998 à 2003. En 2003, il est nommé professeur adjoint suppléant boursier du FNS, puis professeur associé en 2010. Depuis 2015, il est responsable de l’Unité de radiologie cardiovasculaire du Service de radiologie. Ses domaines de recherche se concentrent sur le développement de nouvelles techniques d’IRM, et notamment pour l’étude du syndrome cardio-rénal et des maladies cardiaques congénitales. Il est nommé professeur ordinaire au Département de radiologie et informatique médicale de la Faculté de médecine de l’UNIGE en mai 2020.