Philippe Compagnon effectue ses études de médecine à l’Université Claude Bernard de Lyon, avant de réaliser son internat de chirurgie aux Hôpitaux universitaires de Strasbourg où il obtient un doctorat en médecine. Entre 2002 et 2006, il effectue son clinicat au CHU de Rennes, où il acquiert une solide expérience en chirurgie hépato-biliaire et en transplantation. Après un « research fellowship » de deux ans dans le laboratoire de conservation d’organe de l’université du Wisconsin (Madison, USA), il obtient un PhD en biologie et sciences de la santé. Il assure ensuite la fonction de praticien hospitalier au CHU de Rennes pendant 6 ans, avant de rejoindre en 2012 l’Assistance publique - Hôpitaux de Paris (CHU Henri Mondor) où il est nommé maître de conférences - praticien hospitalier. Il y est promu professeur des universités en 2015. Son activité clinique est partagée entre la transplantation hépatique et la chirurgie hépato-biliaire. Sur le plan académique, son activité s’articule autour de l’enseignement et la recherche, à la fois clinique et expérimentale, se focalisant sur les moyens réduire les lésions d’ischémie-perfusion en transplantation hépatique. Dans cet optique, il travaille sur le développement d’une nouvelle machine de perfusion hypothermique du greffon hépatique. Arrivé à Genève en 2017 comme médecin adjoint agrégé au Service de transplantation des HUG et professeur invité à la Faculté de médecine de l’UNIGE, il est nommé professeur associé au Département de Chirurgie en décembre 2019.