Doron Merkler effectue ses études à Zurich, où il obtient un doctorat de médecine en 2002. Grâce à une bourse du FNS, il suit ensuite une formation post-graduée en médecine expérimentale et en biologie, et travaille comme post-doctorant au sein du Brain Research Institute de l’Université de Zurich. Il poursuit par ailleurs sa formation médicale en neuropathologie à Göttingen, en Allemagne, où il obtient un titre de spécialiste en 2008. Lors d’un séjour de recherche à l’Institut d’immunologie expérimentale de l’Université de Zurich, il approfondit ses connaissances en immunologie. De retour à Göttingen, il prend la direction d’un groupe de recherche et obtient son habilitation en 2009.

Lauréat d’un subside professoral du FNS en 2010, il rejoint en tant que professeur assistant le Département de pathologie et immunologie de la Faculté de médecine de l’UNIGE. Il est titularisé en 2016 à la fonction de professeur associé ; il est aussi médecin adjoint agrégé dans le Service de pathologie clinique des HUG. Ses travaux de recherche portent essentiellement sur l’immunopathogenèse des maladies inflammatoires du système nerveux central. Il est promu à la fonction de professeur ordinaire au Département de pathologie et immunologie en octobre 2020. Il est en outre coordinateur du Centre de recherche sur l’inflammation, créé en 2020.