Guy Haller obtient un diplôme de médecin à Genève en 1993. Après un doctorat en médecine en 1997 et un titre de spécialiste en anesthésie-réanimation, il complète sa formation avec un Master en informatique médicale (Université de Bath, UK) et un PhD en épidémiologie (Université de Monash-Melbourne, Australie).

De retour à Genève en 2006, il devient médecin adjoint, puis médecin adjoint agrégé au Département de médecine aiguë (unité d’anesthésie gynéco-obstétricale et ophtalmologique), poste qu’il partage à 50% avec une activité dirigée vers la qualité des soins et l’épidémiologie au service qualité des soins et au service d’épidémiologie clinique. Il prend en 2015, la direction du projet stratégique 20/20 « Excellence clinique et qualité » des HUG. Il enseigne en parallèle la gestion des services de santé et la qualité à l’Université de Monash comme professeur associé. Il dirige plusieurs travaux et un groupe de recherche autour des facteurs de risque organisationnels des complications iatrogéniques et des problématiques de mesure et d’amélioration de la qualité des soins. Privat-docent de la Faculté de médecine de l’UNIGE, puis professeur assistant au Département d’anesthésiologie, pharmacologie, soins intensifs et urgences en 2021, il est nommé en octobre 2022 professeur associé et médecin-chef du Service qualité des soins des HUG.