Manuella Epiney obtient en 1992 un diplôme de médecin à Genève, puis un doctorat en 1998. Elle poursuit sa formation en gynécologie et obstétrique à Neuchâtel et aux HUG et obtient un titre de spécialiste en gynécologie obstétrique en 2002. Elle est nommée cheffe de clinique adjointe en 2000, cheffe de clinique en 2004 et médecin adjointe au Service d’obstétrique en 2005. En 2008, elle séjourne au Centre hospitalo-universitaire de Bordeaux pour compléter sa formation en médecine fœtale et pathologie fœto-placentaire. De retour aux HUG, elle est nommée responsable de l’unité de périnatalité. En 2017, elle finalise sa formation approfondie de médecine foeto-maternelle.

Elle allie son expertise clinique en obstétrique à haut risque et obstétrique psychosomatique à ses travaux de recherche, en s’intéressant aux vulnérabilités psychosociales (stress, dépression périnatale, migration, violence, deuil périnatal, accouchement traumatique) et les effets fœtaux et maternels notamment la dépression périnatale et le trouble de stress post traumatique post natal. Elle mène aussi des recherches sur les thrombophilies et la pré-éclampsie afin d’en identifier les marqueurs protéiques précoces. Elle préside le groupe suisse de travail de gynécologie et obstétrique psychosomatique de la Société suisse de gynécologie et d’obstétrique durant 7 ans et obtient la formation approfondie interdisciplinaire en médecine psychosomatique et psychosociale. Privat-docent de la Faculté de médecine en 2016, elle est nommée professeure assistante au Département de pédiatrie, gynécologie et obstétrique en 2019, puis titularisée à la fonction de professeure associée en février 2023.