Michel Erne obtient un diplôme de médecin en 1982 à Genève. Il se spécialise ensuite en chirurgie et poursuit sa formation, tout d’abord en hôpital périphérique (Payerne), puis aux Cliniques universitaires St-Luc à Bruxelles, et enfin à Genève, aux HUG, dans le Service de chirurgie viscérale. Il obtient un titre de spécialiste FMH en chirurgie en 1991, qu’il complète par un diplôme de formation approfondie en chirurgie viscérale. Nommé médecin-chef du Service de chirurgie de l’Hôpital d’Yverdon-les-Bains en 1992, il maintient des liens très étroits avec les HUG où il exerce la fonction de médecin consultant.

Parallèlement à son activité clinique, il assume une charge d’enseignement pré-gradué aux étudiants de la Faculté de médecine de l’UNIGE, et post-gradué en assurant la formation chirurgicale, à Yverdon-les-Bains, de nombreux chefs de clinique référés par le Service de chirurgie viscérale des HUG. Il a de plus, pendant 11 ans, été responsable des examens fédéraux de spécialiste en chirurgie, dont six ans en tant que président de la commission d’examen. Il est nommé professeur titulaire au Département de chirurgie de la Faculté de médecine en 2016, et prend sa retraite en sepembre 2022.