Stéphane Emonet obtient un diplôme fédéral de médecin en 2000 à l’UNIGE. Après une année de chirurgie à l’Hôpital de Sion, il se forme aux HUG en médecine interne (FMH en 2006), puis en infectiologie (FMH 2009) et en microbiologie (FAMH 2017). En 2003, il passe une année au nord du Mozambique avec l’ONG SolidarMed. Médecin adjoint aux HUG de 2010 à 2018, il s’implique en clinique et dans l’enseignement pré-gradué  — notamment comme co-responsable de l’Unité infection de 2014 à 2018 —, ainsi qu’au sein du laboratoire de bactériologie. En parallèle, il développe une ligne de recherche sur le diagnostic microbiologique rapide des infections et son impact clinique.

A l’Hôpital du Valais, il exerce initialement en qualité de médecin-chef responsable de l’Unité de microbiologie avec une importante activité clinique et de formation post-graduée. Depuis février 2021, il occupe également la fonction de médecin-chef du Service des maladies infectieuses de l’Institut central des Hôpitaux, à Sion, qui dessert à la fois l’Hôpital Riviera-Chablais et l’Hôpital du Valais pour les consultations cliniques et les activités de prévention et contrôle des infections. Il poursuit sa collaboration étroite avec les HUG et la Faculté de médecine de l’UNIGE, en tant que médecin hospitalo-universitaire actif dans la formation pré- et post-graduée, ainsi que comme centre partenaire pour la recherche clinique. Privat-docent de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2020, il est nommé professeur titulaire au Département de médecine en octobre 2022.