Indrit Bègue effectue ses études de médecine à Tirana (Albanie) et obtient un diplôme fédéral de médecine en 2019. Grâce à une bourse d'excellence de la Confédération suisse, elle poursuit un master en neurosciences au Centre interfacultaire des neurosciences de l’UNIGE (2012), puis un PhD à l'École lémanique des neurosciences des universités de Genève et Lausanne (2016). Elle complète en parallèle sa formation de spécialiste en psychiatrie et psychothérapie aux HUG, d'abord en tant qu'assistante puis en tant que cheffe de clinique scientifique. Elle part aux États-Unis pour se spécialiser en neuromodulation non-invasive par stimulation magnétique (TMS) à Beth Israel Deaconess Medical Center et McLean Hospital, affiliés à la Harvard Medical School, avec le soutien de la Fondation Cloëtta et des HUG. Ses travaux de recherche portent sur les dysfonctionnements de la motivation et de la cognition, en particulier dans le contexte de la schizophrénie. En intégrant l'imagerie cérébrale avancée et la stimulation non invasive, Indrit Bègue examine leur potentiel thérapeutique en essai clinique, avec un accent spécifique sur le cervelet. Elle bénéficie du soutien de la Fondation Leenaards (Prix Recherche biomédicale translationnelle en 2023) et collabore étroitement avec des chercheurs et chercheuses en sciences fondamentales et en données pour des études de neuro-imagerie et de stimulation cérébrale inter-espèces. Elle rejoint en novembre 2023 le Centre Synapsy de recherche en neurosciences pour la santé mentale et le Département de psychiatrie de la Faculté de médecine de l’UNIGE en tant que professeure assistante.