Pierre Chappuis effectue ses études de médecine à Genève avec l’obtention du diplôme fédéral de médecin en 1984 et d’un doctorat à la Faculté de médecine de l’Université de Lausanne en 1995. Titulaire d’un titre de spécialiste FMH en médecine interne et en oncologie, il passe 3 ans dans le Département de génétique humaine de l’Université McGill à Montréal. De retour à Genève, il est nommé médecin adjoint en 2001 dans les Services d’oncologie et de médecine génétique et responsable de l’unité d’oncogénétique et de prévention des cancers en 2008. Il est le président du Network for cancer predisposition testing and counseling au sein du Groupe suisse de recherche clinique sur le cancer (SAKK) entre 2003 et 2016.  Il prend la tête du Centre du sein des HUG en 2014 dont il assure la recertification suisse en 2018. Sur le plan académique, il est nommé privat-docent de la Faculté de médecine en 2006 puis professeur associé en juillet 2017. Il a mis en place dès 1996 une unité pionnière en Suisse dédiée aux prédispositions génétiques au cancer, qui est son principal domaine de recherche. Il prend sa retraite en décembre 2023.