Début 2020, la vague Covid-19 déferle sur l’Europe. Or, à Genève comme ailleurs, il n’y avait ni outil ni structure capable d’assurer un suivi épidémiologique à aussi large échelle. «Le nombre de cas des maladies infectieuses habituellement surveillées, comme la rage ou la rougeole, est minime et ne requiert pas de système particulièrement robuste. Avec le Covid-19, il a fallu créer de toutes pièces, et en un temps record, un système de gestion de données capable de réconcilier des données issues d’une très grande variété de sources», se souvient la professeure Delphine Courvoisier, statisticienne aux HUG et à la Faculté de médecine, qui a été détachée à de la Direction générale de la Santé (DGS) de l’Etat de Genève afin de mettre sur pied une infrastructure de suivi des cas et des contacts. Avec son équipe, elle dispose en effet d’une expertise aussi rare que pointue en information management. «Tout ce travail accompli pendant crise Covid-19, et aujourd’hui encore, a été possible grâce à la très bonne collaboration entre les institutions partenaires et la DGS, dans une logique de complémentarité des compétences», souligne-t-elle également.

«Nous avons adapté un logiciel utilisé pour le suivi des études cliniques, appelé RedCap, qui a l’avantage d’être gratuit et évolutif afin de pouvoir rentrer de plus en plus d’informations selon l’évolution de l’épidémie et des besoins de données – les symptômes, des données géographiques, les contacts, etc.», détaille le Dr Denis Mongin, membre de l’équipe de la Pre Courvoisier. «Toutes les données devaient être entrées et harmonisées sur une seule plateforme pour pouvoir faire émerger les informations importantes. Et il fallait tout faire vite.» Cette base de données, baptisée Argos (pour Actionable Register of Geneva Outpatients with Sars-CoV2), devient au fil du temps un système de gestion de données complexes. Pendant la crise, la visualisation des données permettait à toutes les personnes qui en avait besoin, des responsables politiques au planificateurs/trices à l’hôpital, de dégager des tendances épidémiologiques. L’exploitation de ces données, qui sont accessibles aux équipes de recherche qui en font la demande, permet aujourd’hui d’effectuer énormément de recherches, et en particulier une évaluation des différentes mesures sanitaires prises à l’époque. «Bien entendu, toutes les personnes dont les données anonymisées sont incluses dans Argos ont eu la possibilité de s’en retirer. Environ 10% l’ont fait», précise-t-il.

Recherche «à chaud» et a posteriori

Au cœur de la pandémie, on s’interrogeait très naturellement sur le succès ou pas de certaines stratégies afin d’éclairer la prise de décision politique. Il s’agissait également d’étayer par des données objectives certaines décisions. S’infecte-t-on plus à l’hôpital qu’ailleurs? Certains environnements favorisent-ils plus la contagion? Qu’en est-il d’une cartographie des cas ou des déterminants sociaux?

«Dès 2020, l’une des préoccupations majeures concernait l’équité de l’accès aux soins», explique Delphine Courvoisier. «Le Pôle de recherche national Lives, qui étudie les vulnérabilités, nous a octroyé un subside pour évaluer les inégalités socio-économiques et de genre lors de la première vague». Mais le temps de la recherche n’est pas le même que celui de la réponse de crise. C’est pourquoi une réanalyse en profondeur des données ne peut avoir lieu que maintenant.

Evaluer les politiques sanitaires pour mieux se préparer aux prochaines épidémies

L’un des principaux intérêts de revenir sur ces données concerne l’impact des mesures sanitaires prises à l’époque. Or, l’évaluation des politiques publiques, dans le domaine de la santé comme dans bien d’autres données, est un domaine encore négligé. Et pourtant, cela permet d’objectiver les résultats de telle ou telle stratégie en s’appuyant sur des données solides, et surtout d’en évaluer le coût-bénéfice. Delphine Courvoisier: «Notre dernière étude, actuellement sous presse, concerne le suivi des contacts, qui n’a permis d’identifier qu’environ 40% des cas secondaires. Ce résultat est loin d’être insignifiant, mais, au vu des ressources financières et surtout humaines disponibles, était-ce la stratégie la plus efficace? Qu’en est-il des efforts d’information aux populations, un sujet peu mis en avant, ici comme ailleurs? L’idée n’est pas de réécrire l’histoire et de remettre en question des décisions qui, sur le moment, faisaient du sens, mais d’utiliser ces expériences pour construire une réponse plus solide lorsque nous seront à nouveau confronté-es à une épidémie de grande ampleur.» Ce qui, au vu des changements environnementaux, ne manquera pas d’arriver.

© HUG
Delphine Courvoisier
Professeure assistante, Département de médecine, Faculté de médecine
Épidémiologue, Service qualité des soins HUG

© Fabien Scotti, UNIGE
Denis Mongin
Suppléant maître assistant, Département de médecine, Faculté de médecine