Guido Bondolfi obtient un diplôme de médecin de l’Université La Sapienza de Rome en 1984 et de l’Université de Lausanne en 1987; il poursuit ensuite sa formation en psychiatrie et psychothérapie à Rome, Lausanne et Londres et obtient un titre de spécialiste en 1993. Aux HUG depuis 1997, il occupe diverses fonctions au sein du Département de psychiatrie. Il a notamment dirigé des programmes spécialisés, sur les troubles dépressifs d’abord, puis sur les troubles anxieux. En 2016, il prend la tête du service de psychiatrie de liaison et d’intervention de crise. A la Faculté de médecine de l’UNIGE, il est nommé professeur associé au Département de psychiatrie en 2013, puis professeur ordinaire en 2018. Il est également «Professore Aggregato» à la Faculté de sciences biomédicales de l’Université de la Suisse italienne depuis 2019.

Guido Bondolfi développe, au début de sa carrière, des travaux dans le domaine de la psychopharmacologie clinique. Il s’est ensuite rapidement intéressé aux approches intégrées des troubles anxiodépressifs et à la psychothérapie d’orientation cognitive. Il se penche alors, dès le début des années 2000, sur la méditation de pleine conscience (mindfulness), qui depuis lors a su faire ses preuves. Il se forme dans cette discipline aux États-Unis, à l’Université du Massachussets. Il en étudie également l’efficacité sur la prévention des rechutes dépressives, avec le soutien du FNS.  Par ailleurs enseignant aux niveaux pré- et post-gradués, Guido Bondolfi a été le responsable de l’AMC de psychiatrie et actuellement directeur de plusieurs formations post-graduées: MAS en psychothérapie cognitivo-comportementale, DAS en psychothérapie systémique, CAS sur les interventions basées sur la méditation de pleine conscience, ainsi que, dès 2018, du CAS en médecine psychosomatique et psychosociale. Il est nommé professeur honoraire en octobre 2023.