Jean-Paul Humair obtient en 1985 un diplôme de médecin à Genève. Il suit une formation post-graduée en médecine interne générale l’amenant à l’obtention d’un titre de spécialiste en médecine interne et d’un doctorat en médecine en 1993. Il s’oriente ensuite vers la santé publique et obtient un Certificat de santé communautaire en 1994 à Genève puis un Master en santé publique en 1995 à la University of New South Wales à Sydney. De 1991 à 1993, puis de 1995 à 2012, il est chef de clinique puis médecin adjoint au Service de médecine de premier recours des HUG. Il est en outre responsable du programme d’enseignement pré-gradué en médecine de premier recours depuis 1997.

Dans ses recherches en tabacologie, il a notamment élaboré un programme efficace de formation médicale d’aide à l’arrêt du tabac. Il a mené une étude montrant que l’interdiction de fumer dans les lieux publics réduit les hospitalisations pour bronchopneumopathie chronique obstructive. Il a participé à une étude suisse montrant que le vapotage avec nicotine favorise l’arrêt du tabac sans toxicité notable. En médecine ambulatoire, il a montré qu’une prise en charge des pharyngites basée sur un score clinique et un test streptococcique rapide limite l’antibiothérapie et réduit les coûts. Dès 2013, tout en restant médecin adjoint aux HUG, il devient médecin-directeur du Centre genevois de prévention du tabagisme. Privat-docent de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2016, il est nommé professeur titulaire au Département de santé et médecine communautaires en 2020. Il prend sa retraite en septembre 2023.