Mustafa Cikirikcioglu effectue sa formation en médicine, puis en chirurgie cardiaque dans les universités de Trakya à Edirne, d’Ege, à Izmir, ainsi qu’à l’UNIGE et à Université de Montréal. Il est également titulaire d’un  PhD en physiologie humaine de l’Institut de sciences de la santé, Université de Trakya à Edirne. Arrivé aux HUG en 2003, il s’implique dans la recherche fondamentale et clinique sur les matériaux biodégradables («bioengineering»). Depuis 2007, il exerce en tant que médecin cadre au sein du service de chirurgie cardio-vasculaire. Son intérêt principal porte sur la chirurgie cardiaque adulte, avec une expérience de plus de 5,000 opérations à cœur ouvert, y compris toutes les pathologies complexes. De part son expérience clinique et académique, il s’attache à promouvoir  le travail d'équipe  et représente son service dans les groupes de travail «Heart Team - HUG» et «Endocarditis Team - HUG», des colloques pluridisciplinaires qui vise à examiner collectivement des cas particulièrement complexes afin de déterminer la prise en charge optimale pour les malades concerné-es..

Mustafa Cikirikcioglu allie recherche académique, formation et prise en charge clinique Il est également très impliqué dans les sociétés savantes de sa spécialité. De 2013 à 2015, il a été président de la Société européenne de recherche chirurgicale (ESSR); il est actuellement examinateur au «Board» européen en chirurgie cardio-vasculaire et thoracique et éditeur associé («peer-reviewer») dans plusieurs revues médicales. Il a reçu plusieurs distinctions, dont le Prix Denber-Pinard de la Faculté de médecine de l’UNIGE en 2009 pour sa thèse de Doctorat et le Prix Albrecht von Haller de la Société de Cardiologie Suisse pour un travail de thèse réalisé sous sa supervision. Il est nommé professeur associé au Département de chirurgie en août 2023.