Isabella Eckerle effectue ses études de médecine à l'Université Ruprecht-Karls de Heidelberg, où elle obtient son doctorat auprès du German Cancer Research Center. Elle travaille ensuite au sein du Département de médecine tropicale et médecine interne de l'Hôpital universitaire de Heidelberg. En 2011, elle rejoint l'Institut de virologie de Bonn où elle crée son propre groupe de recherche sur les maladies virales émergentes. Pendant son séjour à l'Institut, elle complète sa formation par un titre de spécialiste en microbiologie, virologie et épidémiologie des maladies infectieuses. En 2017, elle obtient son habilitation (venia legendi) de l'Université Friedrich-Wilhelms de Bonn ainsi qu’un Diplôme en médecine tropicale et hygiène à la Liverpool School of Tropical Medicine. Arrivée à Genève, elle est nommée professeur associée à la Faculté de médecine en 2018, et rejoint le Centre des maladies virales émergentes de Genève, un centre UNIGE-HUG hautement spécialisé désigné récemment centre collaborateur de l’OMS, dont elle prend la direction en 2024.
Spécialiste des virus respiratoires, et notamment les coronavirus, elle a été pendant la pandémie de COVID-19 l’une des expertes les plus sollicitées aux niveaux national et international. Son groupe de recherche a ainsi contribué aux premières connaissances sur les propriétés du virus, permettant d’évaluer les tests de dépistage et l’efficacité vaccinale. Membre de plusieurs groupes d'experts de l'OMS sur les virus émergents et experte du panel sur les maladies respiratoires pandémiques à l'Institut Robert Koch, elle est aussi membre du Sénat de l’Académie suisse des sciences médicales. Elle est promue à la fonction de professeure ordinaire en août 2024.
