Après des études de médecines effectuées à l'Université du Cap, Michael Pepper arrive à la Faculté de médecine de l’UNIGE en 1986. Il y obtient un PhD en 1990, un doctorat en médecine en 1992 et accède au titre de privat-docent en 1997. Depuis 2004, il poursuit ses activités de recherche et d'enseignement à Pretoria et à Genève. Il est directeur de l'Institut de médecine cellulaire et moléculaire, directeur de l'unité extra-muros du Conseil sud-africain de la recherche médicale pour la recherche et la thérapie sur les cellules souches, et professeur au département d'immunologie de la Faculté des sciences de la santé de l'Université de Pretoria. Il est également professeur associé au Département de médecine génétique et développement de la Faculté de médecine de l’UNIGE.

Michael Pepper a beaucoup travaillé dans le domaine de la biologie cellulaire et moléculaire à orientation translationnelle, en particulier dans la compréhension des mécanismes de l'angiogenèse et de la lymphangiogenèse. Il s'intéresse aussi aux thérapies cellulaires et géniques, et notamment à leurs implications éthiques, juridiques et sociales. Il a en outre joué un rôle déterminant dans la création de plusieurs startups de biotechnologie. Il s’est aussi beaucoup impliqué dans l’enseignement pré- et post-gradué, et est régulièrement orateur des conférences internationales. Il est membre de l'Académie des sciences d'Afrique du Sud et a reçu plusieurs prix pour ses recherches, notamment le South African Health Excellence Award for Scientific Excellence en 2019. Il prend sa retraite de la Faculté de médecine de l’UNIGE en septembre 2024.