Philippe Eigenmann a fait toutes ses études secondaires et universitaires à Genève. Après une formation FMH en pédiatrie, sa spécialisation en allergologie pédiatrique le conduit à Johns Hopkins University, Baltimore USA. En parallèle à sa formation clinique, il y effectue des travaux de recherche dans le domaine de l'allergie alimentaire. À son retour à Genève en 1996, il devient médecin répondant pour l’allergologie au Département de pédiatrie, tout d’abord comme chef de clinique, puis comme médecin adjoint, et développe la consultation d'allergologie pédiatrique aux HUG. Il poursuit ses recherches sur la prévention et le traitement des allergies alimentaires et fonde le premier programme académique de recherche et d’enseignement en allergologie pédiatrique en Suisse. Philippe Eigenmann a été promu à la fonction de professeur associé au Département de pédiatrie en juillet 2012.

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