Catalogue complet du microbiome de la souris
Un grand nombre de micro-organismes vivent dans notre tube digestif, d'où ils jouent un rôle indispensable dans la digestion et influencent notre santé de nombreuses manières. Pour comprendre comment les microbes influencent notre santé dans son ensemble, les chercheurs et chercheuses utilisent généralement la souris comme modèle. Cependant, les espèces microbiennes vivant dans l'intestin de la souris restent mal caractérisées.
Un nouvel outil capable d'analyser d'énormes quantités de séquences génomiques
Lorsque Silas Kieser a commencé à travailler dans le laboratoire du Prof. Mirko Trajkovski dans le but d'étudier l'interaction entre le microbiote et son hôte, les scientifiques ont été confrontés à un problème majeur : les références (génomiques) du microbiome de la souris étaient si rares, que même les dernières technologies basées sur le séquençage ne permettaient pas d'identifier et de quantifier les espèces vivant dans les souris de laboratoire.
Ils ont donc commencé par développer un outil convivial appelé métagénome-atlas, permettant de développer ces références manquantes à partir de séquences génomiques et ainsi d'analyser n'importe quel microbiome (plus de détails dans leur publication dans BMC Bioinformatics).
Naissance d'un catalogue du microbiome de la souris
Avec ce nouvel outil en main, les scientifiques du laboratoire du Pr. Mirko Trajkovski en étroite collaboration avec le Pr. Evgeny Zdobnov, ont analysé tous les métagénomes de l'intestin de la souris disponibles publiquement et ont établi un catalogue presque complet des espèces bactériennes. Comme décrit dans leur récente étude publiée dans PLoS Computational Biology, l'équipe de recherche a révélé une diversité incroyablement élevée (voir figure ci-dessous), faisant passer le pourcentage d'espèces identifiées d'environ 20 % à plus de 90 %. Ils ont découvert de nouvelles familles bactériennes, ainsi que des centaines d'espèces non cultivées. Les chercheurs ont ainsi pu comparer directement le microbiome intestinal de la souris à son homologue humain, mettant en évidence les similitudes et dissemblances entre eux.
Ces résultats permettent l'analyse de nouveaux jeux de données et la réanalyse de données existantes à une profondeur sans précédent, et vont ainsi stimuler la recherche sur le microbiote et son influence sur la santé. Ils ouvrent également de nouvelles pistes pour mettre en œuvre chez l'humain les découvertes faites chez la souris.
Représentation des espèces bactériennes détectées dans l'intestin de la souris (chaque branche en gris correspond à une espèce). © figure 2 de Kieser et al. 2022 PLoS Computational Biology.
21 mars 2022