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Les groupes de recherche rédigent pour chacun de leur projet une demande d’autorisation, dans laquelle ils décrivent précisément les expériences à réaliser, leur but, le nombre d’animaux nécessaire, les procédures à effectuer et le suivi du bien-être des animaux. Ils justifient l’utilisation d’animaux au moyen d’une pesée d’intérêt entre gain de connaissance escompté et contrainte sur les animaux. Ils précisent en outre les mesures prises pour respecter le principe des 3R.
Toutes les demandes sont révisées par la Direction de l’expérimentation animale (DEA) de l’Université de Genève, qui s’assure qu'elle sont complètes et que toutes les mesures sont prises au sein du projet afin de réduire le nombre d’animaux nécessaire ainsi que la contrainte qui leur est infligée.
La DEA envoie les demandes révisées aux autorités cantonales compétentes. Les demandes sont alors évaluées par le Service de la Consommation et des Affaires Vétérinaires (SCAV) et par la Commission cantonale pour les expériences sur les animaux (CCEA). Ces instances peuvent poser des questions aux scientifiques, proposer des procédures alternatives ou demander par exemple une nouvelle pesée d’intérêts.
Le vétérinaire cantonal décide de l’autorisation des demandes soumises, en les assortissant, le cas échéant, de conditions ou charges. Elles peuvent par exemple imposer une dose plus adéquate d’anesthésie, un suivi plus fréquent des animaux, l’utilisation d’un moindre nombre d’animaux ou la réalisation d’expériences préliminaires. Pendant les 30 jours après l’autorisation, l’Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OSAV) peut poser des questions ou déposer un recours contre la décision cantonale; en outre, les expériences ne peuvent débuter qu'à l'issue de cette période de recours, et seulement si aucun recours n’a été déposé.
Pendant les six premiers mois à partir du début des expériences, les scientifiques doivent annoncer aux autorités cantonales compétentes chaque expérience effectuée, afin qu'elles puissent venir contrôler l’exécution des expériences et leur conformité avec le contenu de l’autorisation. Ceci est une procédure spécifique au canton de Genève.
Tout au long de la validité de l’autorisation, aucune modification des procédures autorisées - par exemple en vue de modifier le protocole expérimental, de demander des animaux supplémentaires ou d'ajouter une nouvelle personne à la liste du personnel effectuant les expériences - ne peut être effectuée par les scientifiques sans une nouvelle autorisation des autorités.
Les autorisations ont une durée maximale de 3 ans. Chaque année, les scientifiques doivent remplir et soumettre aux autorités cantonales et fédérales un rapport détaillant le nombre d’animaux utilisés durant l’année précédente et le niveau de contrainte subi par ceux-ci. Un rapport final récapitulant l’ensemble des animaux utilisés doit également être soumis aux autorités lors de l’expiration de l’autorisation.