Rectorat Bourquin (1999 - 2003)
Le mandat du Rectorat dirigé par Maurice Bourquin a débuté le 15 juillet 1999, pour s'achever le 14 juillet 2003. Le Rectorat a été assisté dans ses tâches par le secrétaire général, André Vifian, remplacé à son départ à la retraite en mai 2003 par Stéphane Berthet, et le directeur de l'administration, Laurent Pally.
| Maurice Bourquin, recteur | Vision générale, budget et relations extérieures |
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Eric Doelker, vice-recteur |
Bâtiments et logistique, ressources humaines, relations internationales et questions féminines |
| Jean Kellerhals, vice-recteur | Formation de base, approfondie et continue, affaires estudiantines, relations avec les HES, la CUSO et les instituts universitaires |
| Jean-Dominique Vassalli, vice-recteur | Recherche, transfert de technologies et de compétences, informatique et bibliothèques, communication |
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Claude Raffestin, vice-recteur (jusqu'en février 2000) |