Dans Atlas on peut associer un commentaire de n'importe quelle longueur à chaque , , et mais aussi aux , , etc.

Cet exemple du gestionnaire des codes montre l'exemple d'un commentaire du code courant.

Pour ajouter ou modifier un commentaire à un objet quelconque sélectionné, vous pouvez:

1. Utiliser le menu qui apparaît dans le menu principal de chaque objet, dans le menu du gestionnaire, ainsi que dans le menu contextuel des objets. L'outil a exactement le même effet et apparaît un peu partout.
2. L'écrire (ou le modifier) directement dans la zone commentaire du gestionnaire (fonctions d'éditions [menu contextuel] simples, mais souvent suffisantes; pour qu'un commentaire soit prise en compte il faut le sauvegarder, CTRL-S ou ) depuis le menu contextuel). Comme dans l'éditeur de texte vous pouvez y faire glisser des passages textuels en provenance d'Atlas ou d'une application extérieure.

Sauf dans le 2 cas, Atlas démarre l'éditeur de texte Atlas pour rédiger vos commentaires.

Notez qu'en fonction de l'objet et des options choisies, une partie ou la totalité d'un commentaire peut s'afficher avec l'objet qu'il commente, dans une ou dans la marge du document primaire.

Un commentaire sert à donner des informations sur l'objet auquel il est attaché. Si vous avez besoin de fournir des informations communes à plusieurs objets il vous faut utiliser un .

De façon générale le logiciel marque la présence d'un commentaire, un objet commenté montre une icône légèrement modifié, et le nom de l'objet est suivi d'une tilde(~).