Dans certains domaines scientifiques les documents à analyser sont principalement fournis en format Microsoft Word. Notez que Microsoft utilise un format propriétaire, donc spécifique à ce logiciel [Voir ce document (textes sur ordinateur)]

Quand vous travaillez avec Word, vous pouvez complètement ignorer que Word utilise un format spécifique, sauf parfois quand vous travaillez avec des versions de Word très différentes.

• Jusqu'à Word 2003 utilise un format propriétaire et l'extension des fichiers est .doc (on parle alors souvent de fichiers doc. Bien que ce format ait évolué dans le temps, les fichiers plus anciens sont en général utilisables sans problème, bien qu'avec des version anciennes ou des fichiers en provenance d'un Mac peuvent vous réservers des surprises, surtout au niveau des caractères accentués!
• Pour les besoins des transferts entre locigiels Microsoft a également définit le format RTF (Rich Text Format), donc le format interne à été publié de sorte à ce que d'autres éditeurs puissent l'utiliser et créer des outils de conversion.
• Depuis Word 2007, le logiciel utilise un nouveau format basé sur un standard ouvert, basé sur la spécification "Office Open XML" (OOXML), un format XML proposé et standardisé (norme ISO) par Microsoft (après une apre bateille (Voir OpenXML sur Wikipedia) et qui est des objectifs similaires que d'autres standards.
  L'extension des fichiers Word 2007 est .docx et ce format n'est pas accessible par les anciennes versions, sauf si vous installez les outils de conversion qui vous permettent de lire et d'écrire ses fichiers.
• Notez que Word peut lire et écrire toute une série d'autres formats, notamment des fichiers texte simple et ils existe de nombreux outils pour convertir des formats d'autres traitement de textes vers Word.

• RTF étant un des formats supportés directement par Atlas, il suffit de sauvegarder un document Word en RTF.
• Vous pouvez utiliser un document .doc comme document primaire, Atlas l'accède alors par un filtre; le document Word n'est pas éditable par Atlas.