Dans Atlas.ti un hypertexte est constitué d'un réseau de liens entre (segments de documents). Les hyperliens sont typés (comme les liens entre codes), le type de sera indiqué lors de la création du lien; Atlas vous proose un jeu de types de relations spécifiques aux hyperliens et c'est l'éditeur de (link editor) qui permet de les modifier. Les hypertextes sont utiles pour une lecture non-linéaire d'un texte (passage d'une citation à une autre en suivant un chemin défini par l'analyste). Les liens hypertextes peuvent être visualisés dans une .