Pour définir un lien hypertexte (lien citation-citation) on doit définir une source et une destination [target] (noeuds du lien, aussi appelé "anchor" (ancre)), et ensuite indiquer le type de à définir entre les deux noeuds.

Il y a plusieurs manières de créer des hyperliens.

1. Sélectionner un passage de texte et le définir comme source (Hyperlink Start Anchor) en cliquant l'outil ou en sélectionnant dans le menu contextuel ou le menu Ceci va en même temps définir une , si elle n'est pas encore définie.
2. Choisir un autre passage n'importe où dans les documents primaires de l'unité herméneutique et le désigner comme destination (Hyperlink target anchor) en cliquant sur (ou depuis le menu contextuel ou le menu ). Cette opération définit également une nouvelle , si elle n'existe pas encore.
3. Après avoir défini la destination, Atlas vous demandera d'indiquer le type de entre la source et la destination à partir d'une liste qui s'affiche automatiquement. Dans Atlas les liens hypertextes sont typés, chaque lien possède un attribut, qui est le type de relations entre les deux noeuds.
4. Un nouveau dialogue vous permettra de, soit terminer le lien (Quit Linking) ou de définir des destinations supplémentaires en choisissant une topologie soit
   • une structure en étoile ("star") autour de la source du lien.
   • une chaîne ("chain") de citations, donc à partir du lien de destination que vous venez de définir vers une autre citation

Vous pouvez également créer des hyperliens entre citations déjà définies dans la marge d'un document primaire et faisant glisser la barre d'une citation sur celle d'une autre, ou en faisant glisser une citation depuis le gestionnaires ou le panneau de navigation des citations. Depuis le gestionnaire des citations, vous pouvez faire glisser une citation directement sur une sélection d'un segment d'un document primaire.

Les différentes possibilités sont illustrées sur la copie d'écran.

Quand vous définissez un lien à l'aide de la souris, vous définissez un seul lien (le dialogue pour définir la topologie en étoile ou en chaîne n'est pas proposé).

Un hyperlien avec son type de relation apparaît dans la marge à côté de la barre des citations concernées

Le menu contextuel d'une citation dans le marge vous permet également de modifier le lien entre deux citations: changer le type de relation (Change link relation), changer de direction (Flip Link) ou supprimer le lien ("Unlink").

Vous pouvez également utiliser les menus pour définir des hyperliens. Comme les hyperliens relient des , il faut chercher les outils dans les menus y relatives, à savoir dans le gestionnaire des citations ou dans le menu

Dans le Gestionnaire des citations: sélectionner une citation et ouvrir le menu contextuel.

Vous pouvez créer des hyperliens de plusieurs manières:

1. Menu contextuel: Create Link Source et Create Link Target en choisissant une citation.
2. Barre à outils: Choisir les boutons correspondants
3. Le menu (du gestionnaire)
4. Dans la marge: Si les citations existent déjà, il suffit de sélectionner la barre colorée qui symbolise la citation source et la faire glisser avec la souris sur la barre de la citation cible.

Si vous utilisez le menu Quotations de la fenêtre Atlas principale, vous y trouverez, à côté des options usuelles, une option fort utile: Create Hyperlinks By List. Vous sélectionnez alors une citation source (sélection d'un passage textuel), et puis en utilisant Create Hyperlinks By List vous pourriez ensuite choisir toutes les citations que vous voulez lier à cette source dans la liste de toutes les citations candidates (qui s'affichent dans une liste déroulante) comme destinations (tout en choisissant la topologie).

L' ne permet pas seulement de créer des vues particulières, mais de créer des objets et de définir des liens entre eux. Par rapport aux hyperliens vous pouvez en particulier:

• Faire glisser une citation depuis le gestionnaire de citations vers la vue réseau.
• Établir des liens entre citations visibles dans une vue réseau.

Pour plus de détails, référez-vous à Vues réseau: citations et hypertextes

Les citations qui ont un lien de type hypertexte, sont précédées d'un < (source) ou d'un > (destination).

• Naviguer les liens hypertextes
• Topologies en chaîne et en étoile
• Vues réseau: citations et hypertextes
• Gestion des liens hypertextes